针对您提出的“劳动关系在A公司，但社保在B公司交是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动法和社保法规的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、合法性判断的核心要素
委托代缴协议的合规性：
- 根据《社会保险法》等相关法规，并未明确禁止用人单位委托第三方代缴社保。若A公司与B公司之间存在合法的委托代缴协议，且该协议符合法律法规和政策规定，这种委托关系在形式上是可行的。但关键在于，这种委托必须基于真实、合理的业务需求，并确保劳动者的权益不受损害。
劳动者的知情同意：
- 依据《劳动合同法》，用人单位与劳动者应全面履行劳动合同约定的义务。若A公司在签订劳动合同时或实际操作中，已向劳动者明确说明社保将由B公司代缴，并获得了劳动者的书面同意，这有助于减少法律风险，并保障劳动者的知情权。
关联公司或劳务派遣等合作关系：
- 如果A公司和B公司是关联公司，或存在劳务派遣等合法的合作关系，并且这种操作符合当地法律法规的规定，那么社保由B公司代缴也可能是合法的。但这种情况下，必须确保劳动者的权益得到充分保障，且代缴行为符合相关法规和政策。
二、可能存在的违法风险
损害劳动者权益：
- 代缴可能导致劳动者在享受购房、落户、子女上学等政策时遇到障碍。若B公司管理不善或资金问题导致社保未能按时足额缴纳，将直接影响劳动者的社保待遇和公积金使用。
违反劳动和社保法规：
- 社保的缴纳主体应与劳动关系主体一致。若A公司将缴纳义务委托给B公司而无合理依据和规范操作，可能被视为未履行法定缴纳义务，存在违反劳动法律法规的嫌疑。相关部门可能责令改正、罚款，甚至对用人单位及相关责任人进行处罚。
三、劳动者的应对措施
若您遇到这种情况且自身权益受到损害，建议采取以下措施：
与A公司协商：
- 首先尝试与A公司沟通，了解社保代缴的具体原因和情况，并表达您的担忧和诉求。
向相关部门投诉：
- 若协商无果，可向劳动监察部门、社保部门或公积金管理中心投诉，反映A公司的违规行为，并寻求帮助和支持。
法律途径：
- 在必要时，您还可以通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
四、总结与建议
综上所述，劳动关系在A公司但社保在B公司交是否合法，取决于多种因素，包括A公司与B公司之间的关系、是否存在合法的委托代缴协议以及劳动者是否同意等。为了确保自己的权益得到妥善保护，我建议您：
- 在签订劳动合同时，务必明确社保缴纳的相关条款和约定。
- 若发现社保代缴行为存在违规或损害自己权益的情况，及时与A公司沟通并寻求解决方案。
- 在必要时，咨询专业的法律人士或劳动监察部门，以获取更具体的法律建议和帮助。
希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时告知。