针对您提出的“在a公司交社保，在b公司发工资是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动法、社保法以及税务等多方面规定的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、合法性分析
社保代缴的合规性：
- 根据《社会保险法》的规定，用人单位应当为员工缴纳社保。然而，在实际操作中，存在“社保代缴”的现象。若代缴公司（如b公司，在特定情境下可视为代缴方）具备合法资质，如人力资源服务公司，并且与实际用工单位（a公司）签订了明确的代缴协议，这种代缴行为在形式上通常是被视为合规的。但需注意，部分地区已明确禁止非劳动关系的社保代缴，因此具体合规性还需结合当地政策来判断。
工资发放与社保分离的影响：
- 工资由b公司发放，而社保由a公司缴纳，这种分离可能带来税务和劳动关系认定上的问题。税务方面，需确保个税申报与实际劳动关系一致，以避免被认定为偷税漏税。劳动关系认定方面，若发生争议，法院或仲裁机构可能会根据实际用工情况（如工作地点、管理关系等）而非社保记录来判定劳动关系的归属。
二、可能存在的风险
损害劳动者权益：
- 代缴可能导致劳动者在享受购房、落户、子女上学等政策时遇到障碍，因为这些政策往往与社保缴纳记录挂钩。此外，若代缴公司管理不善或资金出现问题，可能导致社保未能按时足额缴纳，进而影响劳动者的社保待遇。
违反劳动和社保法规：
- 社保和公积金的缴纳主体应与劳动关系主体一致。若a公司将缴纳义务委托给b公司而无合理依据和规范操作，可能被视为未履行法定缴纳义务，存在违反劳动法律法规的嫌疑。相关部门可能要求用人单位以自己的名义为员工缴纳社保和公积金，因此a公司让b公司代缴可能不符合管理规定，面临被责令改正、罚款等行政处罚的风险。
三、操作建议与风险防范
确保协议规范化：
- 若a公司与b公司之间存在代缴关系，应签订书面协议，明确双方的权利义务，包括费用承担、责任划分等。协议中应注明“代缴性质”，以避免被认定为虚假劳动关系。
保障员工知情权：
- a公司应通过书面通知或劳动合同补充条款告知员工社保代缴安排，并获取员工的签字确认。同时，应定期向员工提供社保缴费明细，增强透明度。
进行合规性审查：
- a公司应定期咨询专业律师或人社部门，了解最新政策动态，确保代缴行为符合当地法律法规和政策规定。同时，应对代缴公司进行资质审核，确保其具备《劳务派遣经营许可证》或《人力资源服务许可证》等合法资质。
四、争议处理
- 若发生社保权益纠纷，员工可向代缴地社保机构投诉，要求补缴或转移社保关系。
- 若涉及劳动关系认定争议，仲裁委或法院将综合考勤记录、工资支付凭证、工作指令等证据来判断实际用工主体。
- 若代缴行为被认定违法，a公司可能面临补缴社保、滞纳金及行政处罚等责任。
总结与建议
- 优先选择合规路径：如a公司设立分支机构或使用劳务派遣等法定方式，以避免潜在的合规风险。
- 强化证据链管理：保存代缴协议、付款凭证、沟通记录等材料，以备不时之需。
- 关注政策变化：及时了解并适应当地政策的变化，确保社保和公积金的缴纳符合最新规定。
综上所述，在a公司交社保而在b公司发工资的行为在特定条件下可能合法，但存在诸多风险和不确定性。因此，建议用人单位和劳动者在操作前务必咨询专业法律人士或相关部门，以确保合规性和权益保护。