入职A公司但由B公司发工资，这种情况是否合法不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 合法情况：

   • 委托代发工资：如果A公司与B公司之间存在合法的委托关系，比如A公司委托B公司代为发放工资，并且这种委托关系有明确的书面协议，同时A公司也承担了相应的法律责任（如社保缴纳、个税代扣代缴等），那么这种情况是合法的。在这种情况下，虽然工资由B公司发放，但实际的劳动关系仍然存在于你和A公司之间。
   • 集团内部调配：如果你所在的是集团公司，A公司和B公司可能是集团内的不同子公司或分支机构。在这种情况下，为了内部管理和财务便利，可能会由B公司代为发放工资，但你的劳动关系、社保等仍然与A公司相关联。只要这种安排符合集团内部的规章制度，并且没有违反相关法律法规，那么这种情况也是合法的。

2. 不合法情况：

   • 规避法律责任：如果A公司试图通过B公司发放工资来规避某些法律责任，比如不签订劳动合同、不缴纳社保、不支付加班费等，那么这种情况是不合法的。在这种情况下，你可能面临劳动权益受损的风险，比如无法享受社保待遇、无法获得应有的劳动报酬等。
   • 虚假劳动关系：如果A公司实际上并没有与你建立劳动关系，而是通过B公司发放工资来制造一种虚假的劳动关系，那么这种情况也是不合法的。这可能涉及到欺诈、虚假陈述等违法行为，你可能会因此面临法律纠纷和损失。

法律建议：

• 如果你发现自己处于这种情况，首先应该与A公司沟通，明确你的劳动关系、工资发放、社保缴纳等具体情况。
• 如果A公司无法给出合理的解释或拒绝承担相应的法律责任，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
• 在处理这类问题时，建议你保留好相关的证据，比如工资条、银行流水、劳动合同等，以便在需要时证明自己的权益。

可能后果：

• 如果这种情况被认定为不合法，A公司可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
• 你作为劳动者，如果因此遭受了损失（比如未缴纳的社保、未支付的加班费等），有权要求A公司进行赔偿。

总之，入职A公司但由B公司发工资是否合法，取决于具体的劳动关系和工资发放安排。如果你对此有疑问或担忧，建议直接向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。