结论：入职两家公司，但仅由其中一家公司发放工资是否合法，这取决于具体情况，包括两家公司之间的关系、你的工作安排以及是否违反了相关法律法规等。以下从不同角度进行分析：

一、合法情况

1. 非全日制用工或兼职：

   • 如果你在两家公司的工作均为非全日制用工或兼职形式，且两家公司均知晓并同意你的这种工作安排，同时你的工作时间、劳动报酬等均符合非全日制用工或兼职的相关规定，那么仅由其中一家公司发放工资（假设这是基于你与两家公司之间的某种约定或安排）并不直接构成违法。但需要注意的是，这种情况下，你应确保与两家公司都签订了相应的兼职或非全日制用工合同，并明确了工资支付等关键条款。

2. 关联企业或集团内部调配：

   • 如果两家公司属于同一集团或存在关联关系，且你的工作是在集团内部进行调配，工资由其中一家公司统一发放可能是出于集团内部管理或财务安排的考虑。在这种情况下，只要你的劳动权益得到了充分保障，且这种安排不违反相关法律法规，那么这种工资发放方式是可以接受的。

二、违法情况

1. 全日制用工且未告知：

   • 如果你在两家公司均从事全日制工作，且两家公司均不知晓你在另一家公司的工作情况，那么这种“双重劳动关系”可能违反了《劳动合同法》中关于劳动者应如实告知用人单位工作情况的规定。此外，如果两家公司均未与你签订书面劳动合同或未支付相应的劳动报酬，那么这种行为更是违法的。在这种情况下，仅由其中一家公司发放工资显然是不合法的，因为另一家公司也负有支付工资的义务。

2. 逃避税收或社保义务：

   • 如果两家公司通过仅由其中一家公司发放工资的方式来逃避税收或社保义务，那么这种行为也是违法的。根据相关法律法规，用人单位有义务为劳动者缴纳社会保险费并代扣代缴个人所得税。如果两家公司通过不正当手段来规避这些义务，那么它们将面临法律制裁。

三、法律建议

1. 明确工作关系：

   • 如果你确实需要在两家公司工作，建议与两家公司都签订书面劳动合同或兼职协议，并明确各自的权利和义务，包括工资支付、工作时间、社会保险等。

2. 保障劳动权益：

   • 无论在哪家公司工作，你都应确保自己的劳动权益得到充分保障。这包括获得合理的工资报酬、享受必要的社会保险待遇、获得安全的工作环境等。

3. 遵守法律法规：

   • 在工作过程中，你应严格遵守相关法律法规和规章制度，不得从事任何违法违规的行为。如果发现用人单位存在违法行为或侵犯你的劳动权益，你可以及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

后续行动建议：如果你对目前的工作安排或工资发放方式存在疑虑或担忧，建议你直接与用人单位沟通并明确相关事宜。如果沟通无果或你认为自己的劳动权益受到了侵害，你可以向我咨询具体的法律维权途径和策略。