公司使用两个公司发工资是否合法，需分情况讨论：
合法情形：
- 存在合理业务关联：若两家公司存在关联关系（如母子公司、总分机构），且工资发放基于真实的业务往来（如员工同时为两家公司提供劳务，或因工作调动、项目合作等原因需由不同主体支付工资），且能提供完整的劳动合同、考勤记录、工资支付凭证等证明材料，则该行为合法。
- 符合税务合规要求：若工资发放符合个人所得税法及相关税务规定（如合并计税、代扣代缴义务履行等），且未通过拆分工资逃避税收或社保缴纳义务，则不构成违法。
违法情形：
- 逃避法律义务：若公司通过拆分工资至不同主体，以规避社保缴纳、经济补偿金支付、加班费计算等法律义务（如降低社保缴费基数、减少经济补偿金计算基数），则属于违法行为。根据《社会保险法》及《劳动合同法》，用人单位需按员工实际工资总额缴纳社保，并在解除劳动合同时按工作年限支付经济补偿金。
- 损害员工权益：若拆分工资导致员工无法享受完整福利待遇（如年终奖、福利补贴等），或影响工伤认定、医疗报销等权益，则可能构成侵权。例如，若员工因工伤申请赔偿时，因工资拆分导致赔偿基数降低，员工可主张公司补足差额。
- 违反税务规定：若拆分工资的目的是为了少缴个人所得税（如将部分工资以“报销”形式发放，或通过关联交易转移收入），则可能构成偷税漏税，需承担行政责任甚至刑事责任。
法律建议：
- 对员工而言：若发现公司通过拆分工资逃避义务，可要求公司出具工资构成说明，并保留劳动合同、工资条、银行流水等证据。若公司拒绝改正，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张补缴社保、支付经济补偿金等权益。
- 对公司而言：若需通过多主体支付工资，应确保业务真实、税务合规，并提前与员工签订书面协议明确工资构成及支付主体，避免后续纠纷。
风险提示：工资拆分行为一旦被认定为逃避义务，公司可能面临补缴社保、支付经济补偿金、加付赔偿金等法律后果，甚至可能因税务违法被处罚。员工若因此受损，可主张公司承担全部责任。
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