一份工资分两个公司发放是否合法，需根据具体情况综合判断，关键在于是否符合相关法律法规和劳动合同约定，以及是否保障了员工的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
合理的薪酬结构设计：
- 跨公司合作或集团内部调配：若员工同时为两家关联公司工作，且两家公司均与员工签订了劳动合同或存在明确的用工协议，约定了工资由两家公司分别支付，这种安排在法律上是被允许的。例如，员工在集团内部不同子公司间流动，工资由各子公司根据实际工作情况分别发放。
- 特殊福利或补贴发放：一家公司发放基本工资，另一家公司发放与特定项目或岗位相关的补贴、奖金等，只要这种安排在公司薪酬制度中明确规定，且依法缴税，亦属合法。
遵守劳动合同与最低工资标准：
- 两家公司应分别与员工签订劳动合同，明确各自的支付义务，确保员工在提供正常劳动的前提下，获得的工资总额不低于当地最低工资标准。
- 工资支付需按时足额，不得克扣或无故拖欠。
合理避税与合规操作：
- 若分两部分发工资旨在合理避税，且操作符合税法规定，如通过费用报销形式（内容真实、合理，且在税法允许范围内扣除），则此做法合法。但需注意，避税不等于逃税，必须确保所有收入均依法申报纳税。
违法的情况
逃避纳税义务：
- 若两家公司分两部分发工资主要为了逃避个税或其他税费，如以现金、实物等形式发放部分工资，不纳入工资核算和纳税申报，即构成违法。
低于最低工资标准：
- 如两家公司虽名义上工资总额达到或超过最低工资标准，但实际基本工资部分低于法定标准，其余部分随意发放甚至不发，即违法。
掩盖加班工资等问题：
- 两家公司若压低正常工资，以另一部分工资名义掩盖加班工资，或混淆工资构成，使员工难以计算加班工资，违反劳动法规定。
未签订劳动合同或违反约定：
- 若两家公司未与员工签订劳动合同，或劳动合同中未明确约定工资由两家公司分别支付，而擅自分两部分发放工资，可能构成违法。
综合判断与建议
判断一份工资分两个公司发放是否违法，需综合考虑劳动合同约定、工资支付总额与时间、税收合规性等多个因素。若你对公司工资支付方式有疑问或担忧，建议采取以下措施：
- 审查劳动合同：仔细阅读与两家公司签订的劳动合同，确认工资支付方式、金额及构成是否明确约定。
- 咨询劳动保障部门：向当地劳动保障部门咨询相关政策法规，了解工资支付方式的合法性。
- 保留证据：保留好工资条、银行转账记录等证据，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如有必要，可向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总之，一份工资分两个公司发放并非必然违法，但必须确保符合相关法律法规和劳动合同约定，以及保障员工的合法权益。如有任何疑问或担忧，请及时采取措施维护自己的权益。