工资分两笔发放是否合法，需根据具体情况综合判断，关键在于是否符合劳动合同约定、法律法规要求，以及是否保障了劳动者的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
合理的薪酬结构设计：
- 岗位工资与绩效工资：许多公司会将工资分为岗位工资和绩效工资两部分。岗位工资根据员工岗位和职级确定，绩效工资则依据工作业绩考核后发放，如销售提成。这种结构旨在激励员工，提高工作效率，是合法且合理的。
- 基本工资与奖金：公司还可能根据员工表现和公司业绩发放奖金，作为工资的补充。这种分配方式也是常见的，且合法。
- 特殊福利或补贴：如住房补贴、交通补贴等，只要在公司薪酬制度中明确规定，并依法缴税，同样属于合法薪酬分配。
遵守劳动合同与最低工资标准：
- 公司应全面履行劳动合同中关于工资支付的约定，确保劳动者在提供正常劳动的前提下，获得的工资总额不低于当地最低工资标准。
- 工资支付需按时足额，不得克扣或无故拖欠。例如，若劳动合同约定每月10日发放工资，公司就应按时发放，不得随意更改日期或金额。
合理税务筹划：
- 若公司分两部分发工资旨在合理避税，且操作符合税法规定，如通过费用报销形式（内容真实、合理，且在税法允许范围内扣除），则此做法合法。但需注意，避税不等于逃税，必须确保所有操作都在法律允许的范围内。
违法的情况
逃避纳税义务：
- 若公司分两部分发工资主要为了逃避个税或其他税费，如以现金、实物等形式发放部分工资，不纳入工资核算和纳税申报，即构成违法。这种行为不仅损害了国家利益，也影响了员工的合法权益。
低于最低工资标准：
- 如公司虽名义上工资总额达到或超过最低工资标准，但实际基本工资部分低于法定标准，其余部分随意发放甚至不发，即违法。例如，某地区最低工资标准为2000元/月，公司却将基本工资定为1500元/月，其余500元以绩效工资名义发放，且绩效工资发放不稳定，这就违反了最低工资标准的规定。
掩盖加班工资等问题：
- 公司若压低正常工资，以另一部分工资名义掩盖加班工资，或混淆工资构成，使员工难以计算加班工资，也违反劳动法规定。例如，公司可能将加班工资计入“奖金”或“补贴”中，而不明确标注为加班工资，导致员工在维权时难以证明自己的加班事实。
综合判断与建议
- 判断依据：判断公司工资分发方式是否违法，需综合考虑劳动合同约定、工资支付总额与时间、税收合规性等多个因素。若对公司工资支付方式有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况给出专业法律意见。
- 维权建议：若员工发现公司工资分发方式存在违法情形，如逃避纳税、低于最低工资标准或掩盖加班工资等，应及时收集证据（如工资条、劳动合同、考勤记录等），并向当地劳动保障部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，工资分两笔发放并非必然违法，关键在于是否符合相关法律法规和劳动合同约定，以及是否保障了员工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。