公司分两个账户发工资，只要符合相关法律法规和劳动合同约定，即是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
合理的薪酬结构设计：
- 岗位工资与绩效工资：公司可能将工资分为岗位工资和绩效工资两部分，前者根据员工岗位和职级确定，后者依据工作业绩考核后发放。这种结构旨在激励员工，提高工作效率，是合法且合理的。例如，销售岗位可能采用基本工资加提成的模式，其中基本工资通过一个账户发放，提成通过另一个账户发放。
- 基本工资与奖金：公司还可能根据员工表现和公司业绩发放奖金，作为工资的补充。只要奖金的发放符合公司规章制度和劳动合同约定，且依法纳税，这种分配方式也是合法的。
- 特殊福利或补贴：如住房补贴、交通补贴等，只要在公司薪酬制度中明确规定，并依法缴税，亦属合法。这些补贴可能通过不同的账户发放，以便于管理和核算。
遵守劳动合同与最低工资标准：
- 公司应全面履行劳动合同约定的支付工资义务，确保劳动者在提供正常劳动的前提下，获得的工资总额不低于当地最低工资标准。如果公司通过两个账户发放的工资总额达到或超过最低工资标准，且没有克扣或无故拖欠工资的情况，那么这种发放方式就是合法的。
- 工资支付需按时足额，不得克扣或无故拖欠。无论工资通过几个账户发放，都必须确保员工能够按时足额收到应得的报酬。
合理避税与税务合规：
- 如果公司分两个账户发工资旨在合理避税，且操作符合税法规定，如通过费用报销形式（内容真实、合理，且在税法允许范围内扣除），则此做法合法。但需要注意的是，避税不等于逃税，公司必须确保所有工资收入都依法纳税。
违法的情况
逃避纳税义务：
- 如果公司分两个账户发工资的主要目的是为了逃避个税或其他税费，如以现金、实物等形式发放部分工资，不纳入工资核算和纳税申报，即构成违法。这种行为不仅损害了国家的税收利益，也损害了员工的合法权益。
低于最低工资标准：
- 如果公司虽名义上工资总额达到或超过最低工资标准，但实际基本工资部分低于法定标准，其余部分随意发放甚至不发，即违法。员工有权要求公司按照最低工资标准支付工资，并可以通过法律途径维护自己的权益。
掩盖加班工资等问题：
- 公司如果压低正常工资，以另一部分工资名义掩盖加班工资，或混淆工资构成，使员工难以计算加班工资，也违反劳动法规定。员工有权要求公司明确工资构成，并按照法律规定支付加班工资。
综合判断与建议
判断公司分两个账户发工资是否违法，需综合考虑劳动合同约定、工资支付总额与时间、税收合规性等多个因素。如果对公司工资支付方式有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供法律意见和帮助。
总结来说，公司分两个账户发工资并非必然违法，关键在于是否符合相关法律法规和劳动合同约定，以及是否保障了员工的合法权益。如果公司在操作过程中遵守了相关法律法规，确保了工资的合法性和合理性，那么这种发放方式就是可行的。