结论前置：分两家公司发工资并不直接构成违法，但需满足一定条件并遵守相关法律法规、公司规章制度及税务规定。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
兼职或非全日制用工：
- 劳动者可以与两家公司分别建立合法的劳动关系，例如一家为全职工作，另一家为兼职（非全日制）工作。在此情况下，两家公司分别支付工资是合法的。比如，小张在A公司全职工作，同时在B公司兼职，B公司按小时支付兼职报酬，这是完全合法的。
集团公司或关联公司特殊安排：
- 在集团公司或关联公司中，由于业务需要或人员调配，员工可能为多个公司提供服务，并由多个公司发放工资。只要这种安排符合公司内部规定和相关法律法规，即为合法。例如，小李根据集团安排同时为C公司和D公司服务，两公司根据工作量分别发放工资，这也是合法的。
合理的薪酬结构设计：
- 即使是在同一家公司，工资也可以根据岗位性质、工作表现等因素进行合理拆分，如基本工资与绩效工资、奖金等。这种拆分只要符合劳动合同约定，且工资总额不低于最低工资标准，就是合法的。如果这种合理的薪酬结构设计被应用到两家公司中，且均符合相关法律法规，那么也是合法的。
违法情况
恶意规避法律责任：
- 若两家公司发工资的目的是为了逃避税收、社保缴纳等法律责任，则属于违法行为。例如，E公司通过关联的F公司发放部分工资以降低社保费用，这违反了相关法律法规，会面临法律制裁。
违反竞业限制或保密协议：
- 若劳动者与一家公司签订了竞业限制或保密协议，而在另一家公司的工作违反了这些协议，即使另一家公司发放工资也是违法的。比如，小赵离职后到与G公司有竞争关系的H公司工作并领取工资，违反了竞业限制协议，H公司的支付行为就可能构成违法。
低于最低工资标准或克扣拖欠工资：
- 无论是一家还是两家公司发工资，都必须确保劳动者在提供正常劳动的前提下，获得的工资总额不低于当地最低工资标准，且工资支付需按时足额，不得克扣或无故拖欠。如果两家公司发工资导致劳动者实际收入低于最低工资标准，或者存在克扣拖欠工资的情况，那么就是违法的。
税务处理与合规建议
- 税务处理：两家公司发工资均需依法申报个税。对于同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处所得中减除，避免重复扣除。年终需进行汇算清缴，对从两处以上取得的综合所得进行多退少补。若综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元，次年需进行个税汇算清缴。
- 合规建议：员工应谨慎处理与两家公司的劳动关系，确保自身行为合法合规。同时，公司也应确保财务和税务的合规性，避免任何违法行为带来的法律风险。建议公司在与员工签订劳动合同时，明确工资构成及发放方式，并遵守相关法律法规和公司规章制度。
实际操作与职业道德考量
- 员工角度：员工需考虑工作精力分配、职业道德及职业风险。在接受两家公司的工作邀请时，应确保自己有足够的时间和精力完成工作任务，并遵守职业道德规范，避免利益冲突和违反竞业限制等协议。
- 公司角度：公司通过两家公司发工资需确保财务和税务合规，避免偷税漏税等违法行为。同时，公司也应尊重员工的合法权益，确保工资支付方式合法合规，避免引发劳动争议和法律风险。
综上所述，分两家公司发工资并不直接违法，但需确保不影响员工工作表现、遵守相关法律法规、公司规章制度及税务规定。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。