结论：针对公司支付的工资里包含了加班费，但员工主张公司未支付加班费的情况，需从多个角度进行分析，包括工资构成、加班费计算方式、举证责任等。

1. 工资构成与加班费的关系：

   • 首先，需要明确的是，如果公司支付的工资中已经明确包含了加班费，并且这一构成在劳动合同或公司规章制度中有明确规定，同时员工在领取工资时也未对此提出异议，那么从法律上讲，公司可以认为已经履行了支付加班费的义务。
   • 然而，如果劳动合同或公司规章制度中未明确规定工资中包含加班费，或者员工对工资构成有异议并提供了相反证据（如加班记录、工资条等显示未支付加班费），则公司需要承担举证责任，证明其已经支付了加班费。

2. 加班费的计算方式：

   • 加班费的计算通常基于员工的基本工资和加班时间。根据《劳动法》及相关规定，工作日加班应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班且不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定节假日加班的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 如果公司支付的工资中包含的加班费未按照上述标准计算，员工有权要求公司补足差额。

3. 举证责任：

   • 在劳动争议中，举证责任通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。然而，在加班费争议中，由于加班事实通常由公司掌握和管理（如考勤记录、加班审批单等），因此公司需要承担更多的举证责任。
   • 如果员工主张公司未支付加班费，而公司无法提供有效证据证明其已经支付，则法院或劳动仲裁机构可能会支持员工的诉求。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司被认定未支付加班费，除了需要补足差额外，还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
   • 同时，公司的声誉和员工关系也可能受到负面影响，进而影响公司的长期发展。

建议：

• 对于公司而言，应确保劳动合同和公司规章制度中明确规定工资构成和加班费支付方式，并保留好相关证据（如工资条、考勤记录、加班审批单等）以备不时之需。
• 对于员工而言，如果认为公司未支付加班费，应首先与公司进行沟通协商；协商无果的，可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

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