结论：合同中约定了收入包含了加班费，员工在一定条件下仍可以主张加班费，但能否成功主张取决于合同约定的合法性及具体执行情况。以下从多个角度进行分析：
合法性角度
法律基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定工资报酬及其支付方式，包括加班费的支付。
前提条件：
- 自愿协商：合同中的约定必须是双方在平等、自愿的基础上进行协商的结果，确保合同内容真实反映双方的意愿。
- 合理计算：加班费的计算必须符合国家规定的标准，即按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%（工作日加班）、200%（休息日加班且不能安排补休）或300%（法定休假日加班）支付。如果合同中的约定低于这些标准，则可能被视为违法。
- 明确告知：用人单位必须向劳动者明确说明工资构成中包含加班费的情况，并在合同中清晰表述，避免事后产生争议。
实践角度
合同条款清晰：
- 如果劳动合同中明确约定了工资构成中包含加班费，并且该约定符合上述前提条件，那么员工在主张加班费时可能会面临一定的困难。因为从合同角度讲，双方已经对加班费的支付达成了合意。
保留证据：
- 然而，如果员工能够证明用人单位未按照合同约定或国家规定支付加班费（例如，通过考勤记录、工资条等证据显示实际加班时间与支付的加班费不符），那么员工仍有权要求用人单位补足差额部分。
合规操作：
- 用人单位应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的规定，合理安排劳动者的工作时间和休息时间。如果用人单位过度安排加班且未依法支付加班费，员工不仅有权主张加班费，还可能向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
法律风险与建议
法律风险：
- 对于用人单位而言，如果合同中的加班费约定违法或未实际履行，可能面临劳动监察部门的处罚和劳动仲裁或诉讼的败诉风险。
- 对于员工而言，如果主张加班费但无法提供充分证据，可能面临败诉的风险。
建议：
- 用人单位：在签订劳动合同时，应确保加班费的约定合法、合理且明确告知员工。同时，应妥善保存考勤记录、工资支付凭证等证据材料，以便在必要时证明其已经依法支付了加班费。
- 员工：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资构成和加班费的约定。如果发现合同中的约定违法或不合理，应及时与用人单位协商修改。在加班时，应保留好相关证据（如考勤记录、加班通知等），以便在主张加班费时提供有力支持。
总结：合同中约定了收入包含了加班费，并不意味着员工就完全丧失了主张加班费的权利。员工能否成功主张加班费，取决于合同约定的合法性、具体执行情况以及员工能否提供充分证据。因此，在签订劳动合同时，双方都应谨慎对待加班费的约定，并确保其合法、合理且明确。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。