结论：能否申请主张加班工资需分情况讨论，关键在于合同条款是否合法有效以及是否满足法定最低工资标准等条件。具体分析如下：

1. 若合同条款合法且明确约定包薪制包含加班费，且实际工资不低于当地最低工资标准
   根据《工资支付暂行规定》第十三条，用人单位与劳动者通过民主程序依法制定并公示的规章制度中明确约定“包薪制包含加班费”，且劳动者实际领取的工资在扣除加班费后仍不低于当地最低工资标准的，该约定通常被认定为有效。此时，劳动者再主张加班工资可能无法获得支持，因为双方已通过合同对工资构成达成合意。
   例外情形：若用人单位存在故意隐瞒加班时长、未如实计算加班费，或通过“包薪制”变相降低法定加班费标准（如平时加班费低于工资的150%、休息日低于200%、法定节假日低于300%）的，劳动者仍可主张补足差额。

2. 若合同条款违法或存在显失公平的情形

   • 未达最低工资标准：若扣除加班费后，劳动者实际工资低于当地最低工资标准，根据《劳动法》第四十八条，该约定因违反强制性规定而无效，劳动者有权要求用人单位按法定标准支付加班费。
     
   • 未明确告知或未协商一致：若用人单位未在合同中清晰说明“包薪制包含加班费”，或未通过民主程序（如职工代表大会讨论）与劳动者协商一致，根据《劳动合同法》第二十六条，该条款可能被认定为“以欺诈、胁迫手段订立”或“免除用人单位法定责任”，劳动者可主张撤销该条款并要求支付加班费。
     
   • 强制包薪制：若用人单位以“不接受包薪制就不录用/辞退”等手段强迫劳动者接受，该条款因违反《劳动合同法》第三条“平等自愿”原则而无效。

3. 实务建议

   • 劳动者：签订合同时务必要求用人单位明确写明“包薪制具体构成”（如基本工资+加班费金额），并保留工资条、考勤记录等证据。若发现实际加班时长远超合同约定，或工资低于最低标准，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • 用人单位：设计包薪制时需确保：1）加班费计算基数不低于当地最低工资；2）通过民主程序与劳动者协商一致；3）在合同中单独列明加班费金额及计算方式，避免模糊表述。

总结：包薪制并非绝对排除加班费主张，其合法性取决于合同条款是否符合法定标准、是否经协商一致以及实际履行情况。若您遇到具体争议，可提供合同文本、工资记录等材料，我将进一步为您分析维权路径。