用人单位与工资发放单位不一致，并不必然违法，但需根据具体情况判断其合法性。以下从不同角度进行详细分析：
合法情形：
- 集团内部调配：在大型企业集团中，可能存在多个子公司或关联公司。为了管理便利或税务筹划，集团可能决定由某一子公司统一发放工资，而实际用工单位为另一子公司。这种情况下，只要劳动合同中明确约定了工资发放单位，且该安排不损害劳动者权益（如工资水平、发放时间等），则通常被认为是合法的。
- 委托代发：用人单位可能因财务流程、系统限制等原因，委托第三方机构（如银行、人力资源服务公司）代发工资。这种委托代发行为，只要用人单位与劳动者之间有明确的约定，且第三方机构能够确保工资按时、足额发放，也是合法的。
违法情形：
- 逃避法律责任：如果用人单位通过设立关联公司或利用第三方机构发放工资，意图逃避对劳动者的法律责任（如未缴纳社会保险、未支付加班费等），则这种行为是违法的。例如，用人单位与劳动者签订劳动合同后，却通过另一无关联的公司发放工资，且该无关联公司未为劳动者缴纳社会保险，这就构成了逃避法律责任的行为。
- 损害劳动者权益：如果工资发放单位的变更导致劳动者权益受损（如工资降低、发放延迟等），且用人单位无法提供合理理由或未与劳动者协商一致，则这种行为也是违法的。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果发现用人单位与工资发放单位不一致，首先应查看劳动合同中的相关约定。如果合同中有明确约定，且工资发放情况符合合同约定，则通常无需担心。如果合同中没有约定或约定不明，且工资发放情况存在问题（如工资降低、发放延迟等），则应及时与用人单位沟通，要求其说明原因并解决问题。如果用人单位拒绝沟通或解决问题，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于用人单位而言，应确保工资发放单位的变更不损害劳动者权益，并在劳动合同中明确约定工资发放单位及相关事项。同时，用人单位应建立健全的财务管理制度，确保工资按时、足额发放，避免引发劳动纠纷。
可能法律后果：
- 如果用人单位与工资发放单位不一致的行为被认定为违法，用人单位可能面临劳动监察部门的处罚（如罚款、责令改正等），并可能需要承担对劳动者的赔偿责任（如补发工资、支付经济补偿等）。
- 对于劳动者而言，如果因用人单位与工资发放单位不一致的行为导致权益受损，劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。