劳动合同和实际工资不一样，用人单位是否违法需结合具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的违法性
根据《中华人民共和国劳动法》第十七条以及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。这意味着，用人单位与劳动者签订的劳动合同中约定的工资条款具有法律效力，双方应当按照约定履行。如果实际支付的工资低于合同约定的工资，且无正当理由，这通常被视为违法行为。
二、特殊情况下的合法性或合理性
合法调薪：
- 在某些情况下，如公司经营状况不佳、员工绩效考核不达标等，用人单位可能会依据相关法律法规和公司规章制度对员工的工资进行调整。
- 这种调整如果是合法的，并且经过了必要的程序（如与员工协商、通知工会等），那么即使导致合同工资与实际工资不一致，也不构成违法。
合理扣减：
- 例如，因员工迟到、早退、旷工等原因而扣除部分工资，或者因代扣代缴个人所得税、社会保险费用等法定项目而减少实发工资，这些都属于合理的工资扣减，不构成违法。
- 但需注意，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
试用期工资差异：
- 在试用期内，用人单位可以依法约定低于转正后工资的试用期工资，只要不低于当地最低工资标准且符合相关法律规定即可。
- 这种情况下，虽然合同工资（指转正后工资）与实际工资（指试用期工资）存在差异，但并不违法。
实际工资高于合同工资：
- 当实际工资高于合同工资时，这往往是由于员工出色的工作表现、公司业绩增长、加班补偿、奖金、津贴等合法因素所致。
- 此类情况下，用人单位基于合法的薪酬福利制度或双方约定支付更高工资，不构成违法。
三、违法行为的后果及劳动者应对建议
如果用人单位无故克扣或拖欠劳动者的工资，导致合同工资与实际工资不一致，劳动者有权采取以下措施维护自己的合法权益：
保留证据：
- 妥善保存工资条、银行转账记录等工资支付凭证，作为维权时的关键证据。
与用人单位协商：
- 首先尝试与用人单位进行沟通协商，要求支付被克扣或拖欠的工资差额。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，请求其对用人单位的违法行为进行调查处理。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门的处理结果不满意或未能解决问题，还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。
四、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第十七条：订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条：用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
综上所述，劳动合同和实际工资不一样，用人单位是否违法需结合具体情况判断。劳动者在遇到此类问题时，应充分了解自身权益，采取适当措施应对可能存在的问题，确保合法权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。