发工资单位与实际工作单位不一样，并不一定违法，但可能存在潜在的法律风险和问题，需要分情况讨论。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
劳务派遣：
- 在劳务派遣关系中，劳动者与劳务派遣公司签订劳动合同，被派遣至实际用工单位工作。此时，工资由劳务派遣公司发放，但实际工作地点和工作环境由用工单位提供。这种情况是合法的，因为劳务派遣关系本身就涉及三方主体：劳动者、劳务派遣公司和用工单位。
外包服务：
- 企业将部分业务或岗位外包给第三方公司，员工与外包公司签订劳动合同。员工在实际工作单位工作，但工资由外包公司支付。这种情况也是合法的，因为外包服务本质上是一种业务合作方式，员工与外包公司之间存在劳动关系。
集团内部调动或借调：
- 大型企业集团内部可能存在员工调动或借调的情况。员工可能被调至其他子公司或关联企业工作，但工资仍由原公司发放，或由调入公司发放但社保等关系保留在原公司。这种情况同样合法，因为集团内部调动或借调通常基于集团内部的政策和管理需要。
代发工资：
- 有些企业为了简化财务流程或出于其他考虑，会委托第三方机构代为发放工资。在这种情况下，虽然工资由第三方机构发放，但员工与实际工作单位仍存在劳动关系。这种情况也是合法的，只要代发工资的行为符合相关法律法规的规定。
二、违法情况及潜在风险
避税或规避法律责任：
- 个别企业可能通过让其他公司代发工资的方式，来降低税负或规避某些法律责任。这种做法通常是不合法的，且存在较大的法律风险。一旦被发现，企业可能面临税务处罚、劳动行政处罚等法律后果。
劳动关系认定困难：
- 当发工资单位与实际工作单位不一致时，一旦发生劳动争议，劳动者在证明劳动关系方面可能会面临困难。这可能导致劳动者在维权过程中处于不利地位。
权益保障不足：
- 如果实际工作单位未与劳动者签订劳动合同或未为其缴纳社会保险等费用，劳动者的合法权益可能无法得到充分保障。例如，在发生工伤事故时，劳动者可能因无法证明劳动关系而无法获得工伤赔偿。
税务合规问题：
- 代发工资可能涉及税务合规问题，如个人所得税的申报和缴纳等。如果处理不当，可能引发税务风险，导致企业和劳动者面临税务处罚。
三、应对措施与建议
核实劳动合同与社保缴纳情况：
- 劳动者应仔细核实自己的劳动合同签订情况和社保缴纳记录，确保与实际工作情况相符。如果发现不一致的情况，应及时向用人单位提出异议。
要求明确劳动关系：
- 如发现发工资单位与实际工作单位不一致的情况，劳动者应及时向用人单位提出异议，并要求其明确劳动关系和工资发放主体。这有助于劳动者在维权过程中明确自己的权利和义务。
保留相关证据：
- 劳动者应妥善保管好与工作相关的所有证据材料（如劳动合同、工资条、考勤记录等），以备不时之需。这些证据材料在发生劳动争议时可能起到关键作用。
及时咨询法律专业人士：
- 如果劳动者对发工资单位与实际工作单位不一致的情况存在疑虑或担忧，可以及时向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律建议和指导，帮助劳动者维护自己的合法权益。
总之，发工资单位与实际工作单位不一样并不一定违法，但可能存在潜在的法律风险和问题。劳动者应仔细核实自己的劳动合同和社保缴纳情况，要求用人单位明确劳动关系和工资发放主体，并保留好相关证据材料。如有需要，可以及时向我咨询以获取专业的法律建议和指导。