结论：劳动合同中同时约定标准工时制和工资包含加班工资的情况确实可能存在矛盾，解决这一问题需根据具体情况分析合同条款、双方协商以及法律适用。以下从几个方面为你详细分析：
一、合同条款分析
标准工时制：根据《劳动法》及相关规定，标准工时制是指劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时的工作制度。在标准工时制下，劳动者超出上述时间的工作应视为加班，用人单位需支付加班费。
工资包含加班工资：若劳动合同中明确约定工资中已包含加班工资，这通常意味着用人单位在支付劳动者固定工资时，已预先考虑了可能的加班情况，并据此调整了工资水平。然而，这种约定需满足一定条件才有效，即加班工资的支付不得低于法定标准，且需确保劳动者的实际工资不低于当地最低工资标准。
二、可能存在的矛盾及解决方式
矛盾点：若劳动合同中既约定了标准工时制，又约定工资中包含加班工资，但未明确加班工资的计算方式和标准，则可能产生矛盾。例如，当劳动者实际加班时间超过预期时，用人单位可能以工资中已包含加班工资为由拒绝支付额外加班费，而劳动者则可能主张按实际加班时间计算加班费。
解决方式：
三、法律建议
审查合同条款：建议劳动者在签订劳动合同时仔细审查合同条款，特别是关于工作时间和工资支付的约定。若发现合同中存在矛盾或不明确之处，应及时与用人单位沟通并要求修改。
保留证据：劳动者在加班时应保留相关证据，如加班通知、考勤记录等，以便在发生纠纷时证明自己的加班情况。
寻求法律援助：若劳动者与用人单位就加班工资问题发生纠纷且无法协商解决，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时也可以直接向法院提起诉讼。
举例说明：假设某劳动者与用人单位签订的劳动合同中约定实行标准工时制，同时约定月工资为5000元，其中已包含加班工资。但合同中未明确加班工资的计算方式和标准。若该劳动者实际每月加班20小时，且按照法定标准计算加班费应为1000元，则用人单位仅支付5000元工资显然违反了法律规定。此时，劳动者有权要求用人单位按实际加班时间支付加班费差额。
后续思考：在处理此类问题时，关键在于明确合同条款的具体含义和法律适用。因此，建议劳动者在签订劳动合同时务必谨慎审查合同条款，并在必要时寻求专业法律人士的帮助。若你遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询。