结论前置：公司这种将标准工时制下员工加班算作不定时工作制的做法是不合法的，员工有权拒绝并可以通过合法途径维护自身权益。下面从不同角度为你详细分析：
从工时制度法律规定角度
- 标准工时制与不定时工作制的区别
- 标准工时制是指劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时的工时制度。用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。
- 不定时工作制是指因生产特点、工作特殊需要或职责范围，无法按标准工作时间衡量、需机动作业而采取不确定工作时间的一种工时制度。它主要适用于高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工。
- 公司做法的违法性
- 公司实行的是标准工时制，就应当按照该制度的规定来安排员工工作和计算加班。不能随意将标准工时制下的加班认定为不定时工作制。不定时工作制需要经过劳动行政部门的审批才能实行，公司没有经过审批就擅自将员工加班算作不定时工作制，违反了相关法律法规。
从员工权益保护角度
- 加班工资权益
- 在标准工时制下，员工加班有权获得相应的加班工资。工作日加班，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 如果公司将加班算作不定时工作制，可能会逃避支付加班工资的责任，损害员工的经济利益。例如，不定时工作制下，一般不存在加班工资的概念（除法定节假日加班外），这显然对按照标准工时制工作的员工不公平。
- 员工可以采取的维权措施
- 与公司协商：员工可以先与公司进行沟通，明确指出公司的做法违反了法律规定，要求公司按照标准工时制的规定支付加班工资。在协商过程中，要注意保留好相关的证据，如加班记录、工资条等。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查和处理，责令公司改正并支付相应的加班工资。
- 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，需要提供充分的证据证明自己的加班情况和公司的违法行为。仲裁裁决具有法律效力，如果公司不履行，员工可以向法院申请强制执行。
从公司管理角度
- 合法合规管理的重要性
- 公司应当遵守国家法律法规，合法合规地管理员工。随意变更工时制度不仅会损害员工的权益，还可能引发劳动纠纷，给公司带来不必要的法律风险和经济损失。
- 例如，如果员工因为公司不支付加班工资而集体离职或提起劳动仲裁，会影响公司的正常生产经营秩序，损害公司的声誉。
- 正确的做法
- 如果公司确实因为生产经营需要调整工时制度，应当按照规定向劳动行政部门申请不定时工作制审批。在获得审批后，与员工协商一致并签订相关的协议，明确双方的权利和义务。
- 对于标准工时制下的加班，公司应当按照法律规定支付加班工资，合理安排员工的工作和休息时间，保障员工的身体健康。
如果你在工作中遇到了公司这种不合法的情况，或者还有其他劳动法律方面的问题，都可以直接向我咨询。