结论：劳动合同中注明不定时工时、月休2天、工资3500元的情况下，超过标准工时是否有加班工资，需根据具体工时制度及法律规定来判断，一般情况下，不定时工时制下可能不享有加班工资，但具体还需结合地方规定和劳动合同约定。以下为详细分析：
一、不定时工时制的基本规定
不定时工时制是一种因工作性质、特点或工作职责的限制，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的工时制度。根据《劳动法》及相关规定，不定时工时制下的职工，其工作时间和休息时间通常由企业根据实际情况自行安排，不适用标准工时制下的加班工资计算规则。
二、加班工资的适用条件
在标准工时制下，职工超出法定工作时间（如每日8小时、每周40小时）工作的，应视为加班，企业需支付加班工资。然而，在不定时工时制下，由于工作时间和休息时间具有灵活性，通常不认为超出标准工时的工作即为加班，因此可能不享有加班工资。
三、地方规定与劳动合同约定的影响
地方规定：虽然不定时工时制在原则上不适用加班工资计算规则，但部分地方性法规或规章可能对此有特别规定。例如，某些地区可能规定，在不定时工时制下，职工在法定节假日工作的，仍应享受加班工资。因此，需查阅当地的具体规定以确定。
劳动合同约定：劳动合同是双方协商一致的产物，具有法律约束力。如果劳动合同中明确约定了在不定时工时制下，超出标准工时的工作应支付加班工资，那么企业应遵守该约定，支付相应的加班工资。
四、针对您情况的建议
查阅地方规定：建议您首先查阅当地关于不定时工时制和加班工资的具体规定，以了解是否有特别要求。
审查劳动合同：仔细审查您的劳动合同，看是否有关于加班工资的特别约定。如果有，企业应按照约定支付加班工资。
与企业协商：如果地方规定或劳动合同中没有明确规定加班工资，您可以与企业进行协商，看是否能够就加班工资问题达成一致意见。
寻求法律援助：如果协商无果，且您认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
最后，不定时工时制下的加班工资问题是一个相对复杂的问题，涉及多个方面的法律规定和实际情况。如果您对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。