在法院判决单位违法解除劳动合同并支持员工继续履行合同，但单位不同意的情况下，员工可采取以下措施维护自身权益：

1. 申请法院强制执行
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，若单位拒不履行生效判决，员工可向法院申请强制执行。法院有权采取查封、扣押、冻结财产等措施，并可对单位直接责任人员处以罚款、拘留；构成犯罪的（如拒不执行判决、裁定罪），依法追究刑事责任。此过程中，员工需向法院提交生效判决书、执行申请书等材料，并配合法院调查单位财产状况。

2. 主张赔偿替代履行
   若劳动合同客观上已无法继续履行（如单位已注销、岗位已撤销等），员工可依据《劳动合同法》第四十八条，要求单位支付赔偿金。赔偿金标准为经济补偿金的二倍，计算方式为：工作年限×月工资（月工资高于当地社平工资三倍的，按三倍计算，且年限不超过十二年）。员工需提供证据证明合同无法继续履行的事实（如单位公告、岗位调整通知等）。

3. 同步主张工资损失及福利待遇
   在单位拒不安排复工期间，员工有权要求单位按原工资标准支付工资损失，并补缴社会保险、住房公积金等福利待遇。若单位未支付，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，并可依据《劳动合同法》第八十五条，要求单位加付50%-100%的赔偿金。

4. 通过劳动监察部门施压
   员工可向当地劳动保障监察大队举报单位违法行为，监察部门有权责令单位限期改正，并可处以2000元以上2万元以下罚款。若单位仍不履行，监察部门可将案件移送公安机关处理，形成行政与刑事双重压力。

实务建议：

• 员工应优先通过律师向法院申请强制执行，并同步准备赔偿替代履行的证据材料，以应对合同无法继续履行的情形。
  
• 若单位以“客观情况发生重大变化”为由抗辩，员工需审查单位是否履行了协商变更合同的程序，若未履行则抗辩不成立。
  
• 执行过程中，员工可申请法院冻结单位银行账户或查封等值财产，确保判决得以履行。
  

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