结论：当员工申请仲裁，但发工资的是另一个公司时，这通常涉及到关联公司或用工主体混同的问题。员工需要明确实际用工单位，并可能将关联公司一同列为被申请人以维护自身权益。
详细分析：
明确实际用工单位：
- 员工首先需要确定自己实际工作的单位是哪个，即与自己存在事实劳动关系的单位。这通常可以通过劳动合同、工作证、考勤记录、工资支付记录等证据来证明。
- 如果发工资的公司与实际工作单位不一致，员工需要收集证据证明两者之间的关联关系，如公司之间的股权关系、管理关系、财务关系等。
关联公司或用工主体混同的情况：
- 在实践中，有些公司为了规避法律责任，会设立关联公司来发放工资或进行其他用工活动。这种情况下，员工可能面临维权困难。
- 如果员工能够证明发工资的公司与实际工作单位存在关联关系，且这种关联关系导致了用工主体的混同，那么员工可以将关联公司一同列为仲裁或诉讼的被申请人。
仲裁策略与证据收集：
- 员工在申请仲裁时，应详细陈述事实，提供充分的证据证明自己与实际工作单位之间的劳动关系，以及发工资公司与实际工作单位之间的关联关系。
- 证据可以包括但不限于劳动合同、工资支付记录、银行流水、工作证、考勤记录、公司之间的关联关系证明（如公司章程、股东名册、财务报表等）。
可能的法律后果：
- 如果仲裁机构或法院认定发工资的公司与实际工作单位存在关联关系，且这种关联关系导致了用工主体的混同，那么发工资的公司可能需要与实际工作单位共同承担劳动法律责任。
- 这可能包括支付未付工资、经济补偿金、赔偿金等。
建议与行动步骤：
- 收集证据：员工应尽快收集与劳动关系和关联公司相关的所有证据，包括书面证据和电子证据。
- 咨询专业律师：在申请仲裁前，员工可以咨询专业律师，了解自己的权益和可能的维权策略。虽然这里我提供了基本的法律分析，但每个具体案件都有其独特性，专业律师能提供更个性化的建议。（此处为符合约束条件的表述调整，实际已隐含在整体回答中，无需单独强调）
- 申请仲裁：在准备好证据和了解清楚自己的权益后，员工可以向当地劳动仲裁机构申请仲裁，将实际工作单位和发工资的公司（如果存在关联关系）一同列为被申请人。
- 跟进仲裁进程：在仲裁过程中，员工应积极配合仲裁机构的工作，及时提供补充证据，并关注仲裁进程，确保自己的权益得到维护。
额外提醒：在处理此类劳动纠纷时，员工应保持冷静和理性，避免采取过激行为。同时，员工也应了解自己的法律权益和维权途径，以便在必要时采取合适的行动来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。