若公司使用多个公司发放工资，员工在申请仲裁时，应将实际用工的单位作为被申请人，若存在关联公司混同用工的情况，可将关联公司列为共同被申请人。针对这一问题，具体分析如下：

一. 确定仲裁被申请人

• 在劳动关系中，实际用工的单位应作为劳动仲裁的被申请人。若公司使用多个公司名义发放工资，但员工实际上只为其中一个公司提供劳动，那么该实际用工的公司就是仲裁的被申请人。
• 若存在关联公司混同用工的情况，即员工同时为多个关联公司提供劳动，且这些公司在业务、财务、人员等方面存在高度混同，那么员工可以将这些关联公司列为共同被申请人。

二. 准备仲裁证据

• 员工应收集与仲裁相关的证据，如劳动合同、工资发放记录、工作证明、社保缴纳记录等，以证明自己与实际用工单位或关联公司之间的劳动关系及工资发放情况。
• 特别是工资发放记录，应详细列明发放工资的公司名称、发放时间、发放金额等，以便在仲裁过程中证明公司使用多个公司发放工资的事实。

三. 提出仲裁申请

• 员工应向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，并提交仲裁申请书及相关证据材料。
• 在仲裁申请书中，员工应明确列明被申请人、仲裁请求、事实和理由等，并详细阐述公司使用多个公司发放工资的情况及自己的诉求。

四. 参与仲裁程序

• 员工应积极参与仲裁程序，包括出庭参加庭审、进行辩论、质证证据等。
• 在仲裁过程中，员工应充分陈述自己的观点和理由，并提供充分的证据支持自己的主张。

我建议，在申请仲裁前，员工可以先尝试与公司进行协商，看是否能够解决工资发放问题。若协商无果，再及时提起仲裁申请，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。