要仲裁确认与两个公司分别存在的劳动关系，你可以按照以下步骤进行：

一、明确劳动争议事项及与两家公司的关联

首先，你需要明确与两个公司之间的劳动争议事项，比如工资支付、工作时长、工伤赔偿等，并确定这些争议与两家公司的具体关联。这是后续仲裁申请的基础。

二、准备充分的证据材料

为了证明与两个公司分别存在的劳动关系，你需要准备以下证据材料：

1. 与两家公司分别签订的劳动合同（如有）；
2. 工作证、工牌或服务证等能证明员工身份的证件；
3. 工资支付记录，如银行工资流水明细、工资条等；
4. 考勤记录，如打卡记录、考勤表或电子考勤记录；
5. 社会保险费缴纳记录；
6. 同事的证人证言，可在仲裁开庭时作为参考；
7. 工作邮件、培训记录等其他能证明劳动关系存在的材料。

三、确定仲裁管辖并提交申请

你需要了解劳动仲裁委员会的管辖范围，一般可向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。确定好管辖的仲裁委后，前往其办公地点领取相关申请表格和资料，并填写仲裁申请书。仲裁申请书应包含以下内容：

1. 申请人信息：姓名、性别、年龄、住址、联系电话等；
2. 被申请人信息：两个公司分别作为被申请人，写明单位名称、住所地、法定代表人姓名及职务、联系电话；
3. 仲裁请求：明确提出确认与两个公司分别存在劳动关系；
4. 事实与理由：详细阐述在每个公司的工作起止时间、工作岗位、工作内容等事实情况，结合准备的证据进行阐述。

将仲裁申请书一式多份（根据被申请人数量加一份）及证据材料一并提交给有管辖权的劳动争议仲裁委员会。

四、参加仲裁庭审

收到开庭通知后，你需要按时参加庭审。在庭审过程中，你将有机会陈述自己的仲裁请求、事实与理由，并出示证据材料。同时，你也需要对对方的证据进行质证，并围绕争议焦点进行辩论。

五、等待仲裁裁决

仲裁庭会在庭审结束后一段时间内作出裁决，并向双方送达仲裁裁决书。如果你对仲裁裁决结果不服，可以在规定的时间内向有管辖权的人民法院提起诉讼。

通过上述步骤，你可以有序地进行劳动仲裁，以确认与两个公司分别存在的劳动关系，并维护自己的合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。