结论：非法抢占土地所建的厂房，一般情况下不能补办手续整改和保留使用。不过，具体能否补办手续并保留使用，需根据土地性质、抢占行为的性质及后果、当地政策等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、土地性质与法律规定
农村集体土地：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村集体土地的使用需遵循严格的审批程序。非法抢占土地，即未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的行为，是违法的。
- 对于非法占用的土地，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
宅基地：
- 宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地。非法在宅基地上抢占土地建厂房，同样违反了土地管理法的规定。
- 宅基地的使用需符合村庄和集镇规划，并经过相关部门的批准。未经批准擅自改变宅基地用途的，将面临法律责任。
二、抢占行为的性质及后果
行政处罚：
- 非法抢占土地的行为，可能面临行政处罚，包括罚款、责令退还土地、限期拆除建筑物等。
- 行政处罚的严厉程度，取决于抢占土地的面积、用途、持续时间以及是否造成严重后果等因素。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果非法抢占土地的行为情节严重，可能构成犯罪，如非法占用农用地罪等。
- 构成犯罪的，将依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、罚金等刑罚。
三、补办手续的可能性
一般情况：
- 非法抢占土地所建的厂房，由于本身违反了土地管理法的规定，因此一般无法直接补办手续并保留使用。
- 补办手续的前提是土地使用合法，而非法抢占的土地显然不具备这一前提。
特殊情况：
- 在某些特殊情况下，如因历史原因或政策调整导致土地使用状态发生变化，可能存在一定的补办手续空间。
- 但这种情况需要具体分析，且需经过相关部门的严格审查和批准。即使能够补办手续，也可能需要承担一定的法律责任或付出较大的经济成本。
四、建议与措施
立即停止违法行为：
- 如果您或他人正在非法抢占土地建厂房，应立即停止这一行为，避免进一步的法律责任和经济损失。
咨询当地相关部门：
- 了解当地对非法抢占土地的具体政策和处理措施，以便更好地应对可能面临的法律问题。
寻求法律帮助：
- 如果您对土地使用问题存在疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。
总结：非法抢占土地所建的厂房，一般情况下不能补办手续整改和保留使用。面对此类问题，应立即停止违法行为，并咨询当地相关部门或寻求法律帮助，以妥善解决土地使用问题并避免法律责任。