关于占用村集体耕地建厂后能否补办手续的问题，这确实是一个涉及法律法规和具体操作流程的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和实际操作经验，为您提供的详细解答：
一、能否补办手续的基本判断
占用村集体耕地建厂后能否补办手续，并非一概而论，而是需要根据具体情况、相关法律法规以及当地政策来综合判断。在符合特定条件的情况下，有可能通过补办手续使建厂行为合法化；但在多数情况下，尤其是违反规划和法律禁止性规定的情况下，是无法补办手续的。
二、可能补办手续的情况
符合土地利用规划和年度计划：
- 如果建厂所占用的耕地符合当地的土地利用总体规划和年度计划，且未违反其他法定条件，如环保、安全等要求，那么在建设前未及时办理手续但事后主动报告并积极整改的，有可能经依法依规处罚后，补办农用地转用审批等相关手续。
农村集体公共设施或公益事业建设：
- 如果建厂是为了农村集体的公共设施或公益事业建设，且符合规划和相关规定，经有权机关批准后，也有可能补办手续完善用地程序。
特定政策扶持或农业设施：
- 在某些特定政策扶持下，如城镇低效用地再开发政策，或者建厂属于政府规定的某些农业设施范畴，也有可能通过补齐手续并交纳罚金的方式暂缓拆除或合法化。
三、不能补办手续的情况
占用基本农田：
- 基本农田受到严格保护，严禁任何单位和个人未经批准在基本农田上建厂。此类情况通常无法补办手续，所建厂房可能面临拆除等处罚。
不符合土地利用规划和村庄规划：
- 如果建厂所在位置不符合土地利用总体规划和村庄规划，如在规划为农用地的耕地上违规建设厂房，一般无法补办手续，违建厂房可能会被要求拆除以恢复耕地原状。
未经批准擅自建设：
- 未履行任何审批程序，私自占用耕地建厂，且不符合当地用地申请等规定条件，这种情况很难补办手续，大概率会被认定为违法建筑并依法处理。
四、补办手续的具体流程与建议
咨询当地政策：
- 在决定补办手续前，务必向当地土地管理部门、城乡规划部门或相关政府部门咨询具体政策、流程及所需材料。不同地区的政策可能存在差异，因此这一步至关重要。
准备并提交申请材料：
- 根据咨询结果准备并提交相关申请材料，包括但不限于土地使用证明、建设工程设计方案、环保评估报告等。确保材料的真实性和完整性，以免影响审批进度。
等待审批并积极配合：
- 提交申请后需耐心等待审批结果。在审批过程中，可能需要配合相关部门进行现场勘查、补充材料等工作。务必保持沟通畅通，及时响应相关部门的要求。
注意事项：
- 即使符合补办手续的条件，也需要满足一定的标准和要求，并可能需要缴纳相应的费用和罚金。因此，在决定补办手续前，应充分评估经济成本和法律风险。
- 在进行任何建设活动之前，强烈建议先咨询当地相关部门并了解清楚相关法律法规和政策要求。避免因不了解政策而导致无法补办手续或面临法律处罚。
综上所述，占用村集体耕地建厂后能否补办手续需根据具体情况判断，并应遵循相关法律法规和政策要求。在任何情况下，都应尊重和保护土地资源，遵守国家关于土地管理和城乡规划的法律法规。如果您有进一步的疑问或需要具体的帮助，请随时咨询当地相关部门或专业律师。