补办村集体建设用地证明在符合法定条件和程序的情况下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

合法补办的情况

1. 符合补办条件
   • 如果村集体建设用地原本就经过了合法的审批程序，只是由于各种原因（如证明文件遗失、损毁等）需要补办证明。例如，某村集体在多年前依法取得了建设用地的使用权，用于建设村里的公共设施，如村委会办公楼。后来相关证明文件不慎丢失，此时村集体可以按照规定申请补办建设用地证明。
   • 补办时需要满足一定的条件，比如提供相关的土地权属来源证明、用地审批文件复印件（如果有）、村集体组织的相关决议等材料，以证明该建设用地的合法性和权属归属。
2. 遵循法定程序
   • 补办村集体建设用地证明需要遵循严格的法定程序。一般来说，先由村集体向当地的国土资源管理部门提出补办申请，并提交上述所需的相关材料。
   • 国土资源管理部门会对申请材料进行审核，可能会进行实地勘察，核实土地的使用情况和权属状况。如果审核通过，会按照规定为村集体补发建设用地证明。例如，某村集体向乡镇国土所提出补办申请后，乡镇国土所会将申请上报至县级国土资源局，县级国土资源局经过审核和勘察后，为村集体补发了建设用地使用证。

可能存在的不合法情况及后果

1. 不符合补办条件而强行补办
   • 如果村集体建设用地本身存在违法情形，比如未经合法审批擅自占用土地进行建设，这种情况下试图补办建设用地证明是不合法的。例如，某村集体未经批准，私自占用耕地建设工厂，然后想通过补办证明来使该行为合法化，这是绝对不允许的。
   • 一旦发现这种违法行为，相关部门不仅不会补办证明，还会对村集体进行处罚，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，并可处以罚款等。
2. 未遵循法定程序补办
   • 如果村集体在补办证明过程中，不按照规定的程序进行，如提供虚假材料、跳过必要的审核环节等，也是不合法的。比如，村集体为了尽快补办证明，伪造了用地审批文件，这种行为一旦被查实，补办申请将被驳回，同时相关责任人可能会面临法律责任，如行政处罚甚至刑事处罚（如果构成犯罪的话）。

法律建议

1. 确保建设用地合法
   • 在申请补办村集体建设用地证明之前，村集体要确保该建设用地的取得和使用是合法的。可以查阅相关的历史档案、用地审批文件等，确认土地的来源和用途符合法律规定。
2. 严格按照程序办理
   • 认真了解当地国土资源管理部门关于补办村集体建设用地证明的具体程序和要求，准备好所有需要的材料，并按照规定的流程逐步办理。可以咨询当地的国土部门或者专业的法律人士，以确保办理过程的顺利进行。

如果你在补办村集体建设用地证明过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。