村委会以合建为由不补办宅基地证是否合法，需根据具体情况判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、村委会的职责与宅基地证补办
村委会作为村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，有责任管理本村土地和其他财产，并办理本村的公共事务，包括为村民提供必要的证明文件，如宅基地证。在符合相关法律法规和政策要求的前提下，村委会有义务为符合条件的村民补办宅基地证。
二、合法拒绝补办宅基地证的情况
合建协议问题：
- 如果所谓的“合建”实际上涉及宅基地使用权的转让或变更，且未经相关部门批准或未按照法定程序进行，村委会可能以此为由拒绝补办宅基地证。因为宅基地使用权的转让或变更需要符合法律法规的规定，否则可能被视为无效。
- 另外，如果合建协议中存在争议或不明确之处，如双方对宅基地使用权归属、建筑面积分配等存在分歧，村委会也可能因无法确认相关事实而拒绝补办。
村民不符合补办条件：
- 若村民原本就不符合宅基地申请或补办的条件，如已拥有一处符合规定面积的宅基地，或所建房屋占用了基本农田等不符合宅基地申请条件的情况，村委会拒绝补办宅基地证是合法的。
资料不齐全或程序未完成：
- 补办宅基地证需要提交一系列的材料，并按照规定的程序进行申请。如果村民未能提供完整的、必要的申请材料，或未按照规定的程序提出申请，村委会可以要求村民补充材料或完成相关程序后再行补办。
三、无故拒绝补办宅基地证的法律后果
侵犯村民合法权益：
- 如果村民符合所有补办条件，材料齐全、程序合规，但村委会无故拒绝补办宅基地证，这种行为是违法的。它侵犯了村民的合法权益，如无法证明自己对宅基地的合法使用权，进而可能影响房屋的流转、继承等。
法律责任：
- 在这种情况下，村民有权向县级人民政府及相关主管部门报告并投诉，以维护自己的合法权益。村委会及其工作人员应当依法履行职责，为村民提供必要的服务和协助。如果村委会的行为构成违法，还可能面临相应的法律责任。
四、村民的维权途径
协商：
- 首先尝试与村委会进行沟通协商，了解具体原因并寻求解决方案。在协商过程中，村民可以出示相关证据，如合建协议、宅基地使用证等，以证明自己的合法权益。
投诉：
- 若协商无果，村民可以向乡镇人民政府、街道办事处或县级人民政府及其所属的相关主管部门投诉，请求调查处理。这些部门有权对村委会的行为进行监督和管理，并可以责令村委会改正违法行为。
法律途径：
- 在必要时，村民还可以通过法律途径解决争议，如提起行政诉讼或民事诉讼。在诉讼过程中，村民需要提供充分的证据来证明自己的主张，并寻求法院的公正裁决。
五、建议与注意事项
保留证据：
- 村民在补办宅基地证的过程中，应妥善保留所有相关证据，如申请材料、合建协议、沟通记录等。这些证据在后续维权过程中可能起到关键作用。
了解政策：
- 村民应了解当地关于宅基地证补办的政策规定和程序要求，确保自己的申请符合相关规定。这有助于减少因不了解政策而导致的申请失败或纠纷。
寻求专业帮助：
- 如果村民在补办宅基地证或维权过程中遇到困难或疑问，可以寻求专业律师的帮助。作为专业律师，我可以根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和支持。
综上所述，村委会以合建为由不补办宅基地证是否合法，需根据具体情况判断。如果村民符合补办条件且材料齐全、程序合规，但村委会无故拒绝补办，村民有权通过合法途径维护自己的权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。