核心结论：村里原有土地建厂未办理手续的，需根据土地性质、用途及现行政策，分步骤补办用地审批、规划许可、施工许可等手续，并可能面临行政处罚或整改要求。以下是具体分析：

1. 明确土地性质与用途

• 集体建设用地：若土地原为集体建设用地（如村办企业用地），需确认是否符合乡镇土地利用总体规划，且已通过村民会议或村民代表会议同意。
• 农用地转用：若土地原为农用地（如耕地、林地），需先办理农用地转用审批手续，由省级政府或国务院批准，并缴纳新增建设用地土地有偿使用费。
• 宅基地或其他用途：若土地原为宅基地或其他用途，需核实是否符合变更条件，并依法办理变更登记。

2. 补办用地审批手续

• 步骤：
  1. 向乡镇政府或县级自然资源部门提交用地申请，说明建厂目的、土地来源、面积等；
  2. 提供土地权属证明（如集体土地所有权证、承包经营权证等）；
  3. 缴纳土地出让金或租金（如涉及集体经营性建设用地入市）；
  4. 等待审批通过后，签订土地出让合同或租赁合同，并办理土地登记。
• 注意：若土地属于违法用地（如未批先建），可能需先接受行政处罚（如罚款、没收地上物等），再补办手续。

3. 补办规划许可手续

• 步骤：
  1. 向县级自然资源部门申请办理《建设用地规划许可证》，提交用地申请、土地权属证明、项目可行性研究报告等；
  2. 根据规划要求，编制修建性详细规划或总平面图，并报批；
  3. 获得规划许可后，方可进行施工图设计。

4. 补办施工许可手续

• 步骤：
  1. 向县级住建部门申请办理《建筑工程施工许可证》，提交用地批准文件、规划许可证、施工图审查合格书、施工合同等；
  2. 缴纳相关费用（如农民工工资保证金、安全文明施工费等）；
  3. 获得施工许可后，方可开工建设。

5. 可能面临的行政处罚与整改

• 处罚依据：根据《土地管理法》《城乡规划法》等，未办理手续擅自建厂的，可能面临罚款、限期拆除、没收地上物等处罚。
• 整改建议：
  1. 主动与相关部门沟通，说明情况并承诺补办手续；
  2. 配合调查，提供真实材料，争取从轻处理；
  3. 若已建成，可申请“以补办手续代替处罚”的政策（如部分地区对历史遗留问题有特殊规定）。

6. 特殊情形处理

• 历史遗留问题：若建厂时间较早（如2008年前），且符合当时政策，可尝试申请“确权登记发证”，但需提供充分证据（如村委会证明、老照片等）。
• 环保要求：若涉及污染行业，还需补办环境影响评价手续，并通过环保验收。

温馨提示：补办手续涉及多个部门，流程复杂且耗时较长，建议提前咨询当地自然资源、住建、环保等部门，明确具体要求。如有疑问，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的指导。