针对您提出的“建厂多年没有办证怎么办”的问题，这确实是一个涉及企业合法运营和权益保障的重要事项。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、明确证件类型及重要性
首先，需要明确的是，建厂过程中可能涉及的证件主要包括但不限于施工许可证和土地使用证。这些证件是企业合法建设和运营的基础，对于保障企业的合法权益、避免法律风险具有重要意义。
二、针对施工许可证的补办建议
了解补办条件：
- 根据《中华人民共和国建筑法》和《建筑工程施工许可管理办法》，建筑工程开工前，建设单位应当向工程所在地的县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门申请领取施工许可证。
- 如果您的工厂建设投资额在30万以上或者建筑面积在300平米以上，且未办理施工许可证，那么您需要尽快补办。
补办流程：
- 准备相关材料，包括但不限于工程规划许可证、用地批准文件、施工图纸及审查意见等。
- 向工程所在地的县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门提交申请，并按照要求填写申请表。
- 等待主管部门审核，审核通过后领取施工许可证。
三、针对土地使用证的补办建议
分析无法办证原因：
- 根据东海县人民政府的答复，无法办理土地使用证的情况大致可以分为几类，如“先建厂房，后补办土地证”、“厂房已投产，土地证无法补办”等。
- 您需要仔细分析自身情况，确定无法办证的具体原因，如是否占用农用地、是否缺少建设用地指标、是否征地报批费用不能及时到位等。
根据原因采取相应措施：
- 如果是因为占用农用地或基本农田，且不符合补办供地手续的条件，那么您可能需要考虑选址迁建或产业技改升级。
- 如果是因为缺少建设用地指标或征地报批费用不能及时到位，那么您需要及时将诉求反馈至乡镇政府，由乡镇政府统筹进行问题处置。
- 如果是因为历史上部分企业用地难以取得合法来源，如厂房建设范围与报批范围存在不一致，那么您需要根据具体情况与相关部门沟通，争取在符合相关规划及产业政策的前提下，办理用地报批及后续相关用地手续。
积极与政府部门沟通：
- 在补办土地使用证的过程中，积极与当地自然资源和规划局等政府部门沟通，了解政策要求和补办流程。
- 配合政府部门的工作，提供必要的材料和证明，加快补办进度。
四、一般性建议
咨询专业律师：
- 如果您在补办证件过程中遇到法律难题或不确定如何操作，建议咨询专业律师，获取法律意见和帮助。
保持合规运营：
- 在补办证件的同时，确保企业的运营活动符合相关法律法规的要求，避免因违规操作而引发新的法律风险。
关注政策动态：
- 密切关注当地政府关于企业用地和建设的政策动态，及时了解政策变化和调整，以便更好地规划企业的未来发展。
综上所述，建厂多年没有办证是一个需要重视的问题。您需要根据自身情况，明确无法办证的具体原因，并采取相应的补办措施。同时，积极与政府部门沟通，保持合规运营，关注政策动态，以确保企业的合法权益和持续发展。