结论：1990年建厂没有土地证是否违法需分情况讨论，可能涉及违法用地或历史遗留问题，需根据具体情形采取补办手续、协商解决或应对处罚等措施。以下是详细分析：

一、是否违法需分情况判断

1. 若土地性质为集体所有或未依法征收
   根据《土地管理法》第二条，国家实行土地用途管制制度。若建厂时未依法办理土地征收、出让或划拨手续，即使建于1990年，仍可能构成违法用地。例如：

   • 占用农村集体土地未经村民会议同意或未履行征收程序；
     
   • 未与国土部门签订土地出让合同或未缴纳土地出让金。

2. 若土地性质为国有且存在历史遗留问题
   1990年代部分地区存在“先建厂后补证”的实践，若符合以下条件可能被认定为历史遗留问题：

   • 建厂时符合当时政策（如乡镇企业用地政策）；
     
   • 土地来源合法（如通过村集体转让或政府划拨）；
     
   • 长期使用且无争议，地方政府未明确要求拆除。

二、如何解决无土地证问题

1. 补办土地权属证书

   • 步骤：
     
     1. 向当地自然资源局（原国土局）申请土地权属调查；
        
     2. 提交建厂时的批准文件（如规划许可证、乡镇政府批文）；
        
     3. 补缴土地出让金或相关税费（如耕地占用税）；
        
     4. 办理国有土地使用证或集体建设用地使用证。
        
   • 注意：若土地性质为集体所有，需符合《土地管理法》第六十条关于乡镇企业用地的规定。

2. 协商解决历史遗留问题

   • 若地方政府认可厂房合法性但未补证，可尝试：
     
     1. 与村委会或国土部门签订土地使用协议；
        
     2. 申请将土地纳入“三旧改造”范围（如广东省政策）；
        
     3. 通过行政复议或诉讼确认土地使用权（需证据充分）。

3. 应对违法用地处罚

   • 若被认定为违法用地，可能面临：
     
     1. 限期拆除或没收地上建筑物（《土地管理法》第七十七条）；
        
     2. 罚款（按非法占用土地面积处每平方米100元以下罚款）；
        
     3. 追究相关责任人行政或刑事责任（如涉及非法转让土地）。
        
   • 应对建议：
     
     1. 主动配合调查，提供建厂时间、投资规模等证据；
        
     2. 申请从轻处理（如符合“首违不罚”或“整改到位不处罚”条件）；
        
     3. 必要时通过行政诉讼挑战处罚合法性。

三、风险提示与建议

1. 土地性质风险：若土地为基本农田或生态保护区，补证可能性极低，建议提前规划搬迁。
   
2. 拆迁补偿风险：无土地证的厂房在拆迁时可能被认定为“违法建筑”，补偿标准大幅降低。
   
3. 建议行动：
   
   • 立即委托测绘机构出具土地权属界线图；
     
   • 整理建厂时的批准文件、缴费凭证等证据；
     
   • 咨询当地自然资源局关于历史遗留问题的处理政策。

提示：土地问题涉及地方政策差异较大，建议根据厂房所在省份的具体规定（如《广东省旧城镇旧厂房旧村庄改造管理办法》）进一步操作。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。