农村已建成厂房办理土地证，需根据土地性质及历史情况分情况处理，核心结论如下：

1. 若厂房占用的是集体建设用地（如原村集体划拨的工业用地）

   • 办理路径：需先确认土地是否已通过合法程序转为集体经营性建设用地。根据《土地管理法》第六十三条，集体经营性建设用地入市需经村民会议三分之二以上成员同意，并报乡（镇）人民政府批准，最终在县级自然资源部门办理集体建设用地使用权登记。
     
   • 关键材料：土地权属来源证明（如村集体决议、乡镇批文）、用地规划许可、厂房建设合规证明（如消防验收、环保备案）等。
     
   • 注意：若土地未转为集体经营性建设用地，直接办理土地证可能存在法律障碍，需先补办用地审批手续。

2. 若厂房占用的是农用地（如耕地、林地）

   • 法律限制：根据《土地管理法》第四十四条，农用地转为建设用地需办理农用地转用审批，由省级人民政府或国务院批准。若未办理转用手续，厂房属于违法用地，需先接受行政处罚（如罚款、拆除部分建筑），补办转用审批后才能申请土地证。
     
   • 特殊情形：若厂房符合“乡村产业振兴”政策（如农村一二三产业融合发展项目），可尝试申请“点状供地”或“集体建设用地入市”试点政策，但需以当地具体政策为准。

3. 若厂房占用的是国有土地（如原国有农场、林场土地）

   • 办理路径：需确认土地是否已通过出让或划拨方式取得使用权。若未取得，需与国有土地管理单位（如国资委、自然资源局）签订出让合同，缴纳土地出让金后，申请国有建设用地使用权登记。
     
   • 关键材料：国有土地使用权出让合同、出让金缴纳凭证、用地规划许可等。

通用建议：

• 历史遗留问题处理：若厂房建于2008年《城乡规划法》实施前，且未占用基本农田，可尝试依据《自然资源部关于加快解决不动产登记若干历史遗留问题的通知》申请“证办分离”，先办理土地证再补办规划手续。
  
• 咨询当地部门：土地证办理流程因地区而异（如浙江“标准地”改革、广东“三旧”改造政策），建议携带厂房权属证明、用地文件等材料，向县级自然资源局或乡镇自然资源所现场咨询。
  

如有具体材料或地区政策疑问，可直接向我提供细节，我会进一步分析。