在土地上建厂房是否需要办理农业用地证，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若土地性质为农业用地（如耕地、林地、草地等）
   根据《土地管理法》第四十四条，禁止擅自将农业用地转为建设用地。若需在农业用地上建厂房，必须依法办理农用地转用审批手续，将土地性质变更为工业用地或建设用地后，再通过招拍挂或协议出让方式取得国有土地使用权证（或集体建设用地使用权证），而非直接办理“农业用地证”。
   关键点：农业用地证本身不存在，需先转性为建设用地，再办理建设用地相关手续。

2. 若土地性质已为建设用地（如工业用地、集体建设用地等）
   无需办理农用地转用手续，但需满足以下条件：

   • 规划许可：厂房建设需符合当地土地利用总体规划和城乡规划，取得《建设用地规划许可证》；
     
   • 用地审批：通过出让、划拨或租赁等方式取得土地使用权后，办理《建设工程规划许可证》和《施工许可证》；
     
   • 产权登记：厂房竣工后，办理不动产权证（房屋所有权证）。
     关键点：建设用地需依法取得使用权，并履行规划、施工等审批程序。

3. 特殊情形：设施农业用地
   若厂房属于农业设施（如温室、畜禽养殖场等），可依据《自然资源部 农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》申请设施农业用地备案，但需满足：

   • 不破坏耕地耕作层；
     
   • 不占用永久基本农田（特殊情况需审批）；
     
   • 备案后按农业用途使用，不得擅自改变用途建非农设施。
     关键点：设施农业用地备案≠建设用地审批，仍需严格限定用途。

风险提示：

• 未经审批擅自占用农业用地建厂房，可能面临责令拆除、罚款（按非法占用土地面积处每平方米100元至1000元罚款），甚至追究刑事责任（《刑法》第三百四十二条非法占用农用地罪）。
  
• 建议操作：先通过当地自然资源局查询土地性质，再根据用途依法办理转用、审批或备案手续。
  

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