在农用设施用地上建设厂房是否合法，以及需要哪些审批手续，这是一个涉及土地管理和城乡规划的重要问题。以下我将为您详细解答：
一、农用设施用地建厂房的合法性
农用设施用地主要分为生产设施用地、附属设施用地以及配套设施用地，这些用地主要用于农业生产及直接服务农业生产的活动。如果厂房的用途与农产品加工、储存等农业生产直接相关的活动有关，且在符合相关规划和审批要求的前提下，是有可能被允许建设的。然而，如果厂房的用途与农业生产无直接关联，比如用于生产非农产品的工业产品，那么通常是不可以在农用设施用地上建设的，因为这违反了土地管理相关法律法规对农用设施用地用途的管制。
二、审批手续
若您计划在农用设施用地上建设与农业生产直接相关的厂房，并确保合规性，您需要遵循以下审批流程：
明确申请人资格：
- 申请人应为农村户口且没有宅基地，确保符合申请建设用地的基本条件。
土地规划与选址：
- 确保所选的农用设施用地符合土地利用总体规划和城乡规划。
- 向村委会提出建设厂房的申请，并等待村里同意后确定初步选址意见。
- 将申请材料和初步选址意见提交至乡（镇）人民政府进行审核。
农用地转用审批（如涉及）：
- 若所选土地为农用地，需根据《中华人民共和国土地管理法》第四十四条办理农用地转用审批手续。具体审批机关根据土地性质（基本农田或非基本农田）确定。
土地使用权获取：
- 通过租赁、入股等方式取得农村集体经营性建设用地的使用权，或按照国有土地出让的相关规定取得土地使用权。
规划与许可：
- 在规划部门办理选址、规划许可等审批手续。
- 根据建设项目性质和规模，编制环境影响评价文件并提交生态环境部门审批。
- 向城乡规划主管部门申请建设工程规划许可证。
- 向建设主管部门申请施工许可证。
建设与验收：
- 在获得所有必要批准后，按照规划要求进行厂房建设。
- 建设完成后，向相关部门申请竣工验收，包括规划验收、消防验收等。
- 竣工验收合格后，向建设主管部门进行竣工验收备案。
房地产权利登记：
- 通过竣工验收后，向国土登记部门申请房地产权利登记。
- 完成登记后，获取厂房的合法产权证明。
三、重要法律提示
- 在整个过程中，务必遵守《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，确保所有手续合法、有效。
- 任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让，但需严格按照法律程序进行。
综上所述，在农用设施用地上建设厂房是一个涉及多个部门和法律环节的复杂过程。为确保项目的顺利进行和合规性，建议您充分了解并遵循上述法律指南，必要时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。