农业设施用地上的厂房能否立案，需根据厂房用途及是否符合法律规定来判断，具体分以下两种情况：

1. 若厂房属于农业设施用途且符合法律规定
   根据《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号），设施农业用地包括生产设施用地和附属设施用地。其中，生产设施用地直接用于作物种植或畜禽水产养殖，附属设施用地则包括必要的配套设施（如管理用房、检验检疫监测、动植物疫病虫害防控等）。若厂房属于上述用途，且已按规定办理用地备案手续（无需办理建设用地审批手续），则属于合法建设，无法以“违法占地”等理由立案查处。

2. 若厂房超出农业设施用途或未履行法定程序

   • 用途违法：若厂房实际用于非农业用途（如工业生产、商业经营、住宅等），或未与农业生产直接关联，则违反《土地管理法》第四十四条关于“建设占用土地需办理农用地转用审批手续”的规定，可能被认定为违法占地，自然资源部门可依法立案查处。
     
   • 程序违法：即使厂房用途符合农业设施定义，但未按规定向乡镇政府备案，或擅自扩大用地规模、改变用地位置，也可能因程序违法被要求整改或立案。例如，部分地区要求附属设施用地规模不得超过生产设施用地的15%，超出部分需依法办理建设用地审批。

补充说明：

• 立案主体通常为县级自然资源主管部门，查处依据包括《土地管理法》第七十七条（违法占地处罚）、第七十五条（破坏耕地处罚）等。
  
• 若厂房涉及环保、规划等其他违法情形（如未取得环评手续、违反城乡规划），还可能面临环保部门或综合执法部门的联合查处。
  

建议：
若您需确认具体厂房的合法性，可提供用地备案文件、厂房用途说明等材料，我将进一步分析是否符合法律要求及应对方案。