农业设施厂房能否用于建办公司需分情况讨论，核心取决于土地性质、规划用途及审批手续是否合法合规。具体分析如下：

1. 若农业设施厂房所在土地为集体建设用地（如乡镇企业用地）且规划用途包含工商业功能
   根据《土地管理法》第六十条，农村集体经济组织可使用乡（镇）土地利用总体规划确定的建设用地兴办企业，或与其他单位、个人以土地使用权入股、联营等形式共同举办企业。此时若厂房已依法取得集体建设用地使用权证，且符合当地产业政策，可通过补办工商登记、消防验收等手续将厂房用于公司经营。但需注意：

   • 土地用途不得擅自改变为住宅、商业等非工业用途；
     
   • 若涉及土地流转，需经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或三分之二以上村民代表同意。

2. 若农业设施厂房所在土地为农用地（如耕地、林地）
   根据《土地管理法》第四十四条，农用地转为建设用地需办理农用地转用审批手续。若厂房未依法办理转用手续即用于公司经营，可能构成非法占地，面临以下法律风险：

   • 行政处罚：由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并可处罚款（《土地管理法》第七十七条）；
     
   • 刑事责任：若非法占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上，可能触犯《刑法》第三百四十二条非法占用农用地罪。

3. 若农业设施厂房属于设施农业用地（如温室大棚、养殖场）
   根据自然资源部、农业农村部《关于设施农业用地管理有关问题的通知》，设施农业用地包括生产设施用地和附属设施用地，原则上不得占用永久基本农田。若厂房属于合法设施农业用地，仅能用于农业生产及直接关联的烘干、保鲜、存储等辅助设施，不得擅自改变用途用于非农建设（如办公、住宿等）。若需转型为公司经营场所，需：

   • 重新办理农用地转用审批；
     
   • 符合当地国土空间规划；
     
   • 补缴土地出让金或租金（如涉及集体经营性建设用地入市）。

实务建议：

• 第一步：核查厂房土地性质（可通过当地自然资源局查询土地利用总体规划图或不动产权证）；
  
• 第二步：确认厂房是否已取得规划许可、施工许可等建设手续；
  
• 第三步：若土地性质或规划用途不符，需先向当地自然资源部门申请调整规划或办理转用审批；
  
• 第四步：完成工商登记、环保备案等公司设立手续。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步提供细节，我将结合《土地管理法》《城乡规划法》及地方性法规为您详细分析。