农业发展有限公司在农村建房是否合法，需分情况讨论，核心取决于建房用途、土地性质及审批手续，具体分析如下：

1. 若建房用于农业生产配套设施（如仓库、农机房等）
   根据《土地管理法》及《乡村振兴促进法》，农业公司可在承包地或流转土地上建设直接用于农业生产的配套设施，但需满足以下条件：

   • 土地性质为农用地（如耕地、园地），且符合土地利用总体规划；
     
   • 需向乡镇政府申请设施农用地备案，无需办理建设用地规划许可证；
     
   • 建筑面积、高度等需符合地方农业设施建设标准（如部分地区规定仓库高度不超过8米）。
     风险提示：若未备案或改变土地用途（如将仓库改为住宅），可能面临拆除、罚款甚至刑事责任（如非法占用农用地罪）。

2. 若建房用于非农业用途（如员工宿舍、办公楼、乡村旅游民宿等）
   此类行为属于非农建设，必须满足以下条件：

   • 土地性质需为建设用地（如集体建设用地、宅基地），若涉及农用地转用，需先办理农用地转用审批；
     
   • 需取得乡村建设规划许可证（由乡镇政府核发）及建设工程规划许可证（部分地区要求）；
     
   • 若占用宅基地，需符合“一户一宅”原则，且仅限本集体经济组织成员使用（农业公司作为法人主体通常无法直接取得宅基地使用权）。
     典型案例：某农业公司未经审批在流转耕地上建设民宿，被认定为“以设施农业为名实施非农建设”，最终被强制拆除并罚款50万元。

3. 特殊情形：集体经营性建设用地入市
   根据《土地管理法》第63条，符合规划的集体经营性建设用地（如原乡镇企业用地）可通过出让、出租等方式交由单位或个人使用。农业公司若通过合法程序取得此类土地使用权，可建房用于工业、商业等用途，但需注意：

   • 需经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员同意；
     
   • 需在县级政府自然资源主管部门办理登记；
     
   • 土地用途需符合入市时的约定（如约定用于农产品加工，则不得擅自改为房地产项目）。

操作建议：

• 建房前务必核实土地性质（可通过当地自然资源局官网或乡镇政府查询）；
  
• 明确建房用途，若涉及非农建设，优先选择集体经营性建设用地或通过“点状供地”政策合规取地；
  
• 委托律师审核用地合同、审批文件，避免因程序瑕疵导致损失。
  

如有具体项目需规划，可直接向我咨询用地合规性及审批流程细节。