设施农用地上建设的厂房能否入股需分情况讨论，关键在于厂房的合法性及是否符合入股资产要求，具体分析如下：

1. 若厂房建设合法，通常可作为入股资产
   根据《公司法》第二十七条，股东可用货币出资，也可用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并依法转让的非货币财产作价出资。若厂房建设符合设施农用地用途管制要求（如用于农业生产配套设施，且已依法办理用地审批、规划许可等手续），则厂房属于合法财产，可依法评估作价后作为出资入股。此时需注意：

   • 权属清晰：需提供厂房的产权证明（如不动产权证、建设用地规划许可证等），证明出资人对厂房享有合法处分权；
     
   • 评估作价：需委托专业机构对厂房价值进行评估，避免高估或低估导致出资不实；
     
   • 履行程序：需签订入股协议，明确厂房的交付方式、权属转移时间等，并依法办理工商变更登记。

2. 若厂房建设违法，则无法作为合法入股资产
   若厂房存在以下情形，可能被认定为违法建筑，无法作为出资：

   • 未办理用地审批：设施农用地需按农用地管理，若擅自改变用途用于非农建设（如工业生产、商业经营等），可能违反《土地管理法》第四十四条，面临拆除风险；
     
   • 未取得规划许可：根据《城乡规划法》第四十一条，在乡村规划区内建设厂房需取得乡村建设规划许可证，未取得许可的建筑可能被认定为违法；
     
   • 存在权属争议：若厂房涉及土地承包经营权纠纷、相邻权纠纷等，需先解决争议再考虑入股。
     风险提示：以违法建筑入股可能导致入股协议无效，出资人需承担返还财产、赔偿损失等法律责任。

3. 特殊情形：通过补办手续使厂房合法化后入股
   若厂房因历史原因未办理手续，但符合现行规划且可补办审批的，可先通过补办用地审批、规划许可等手续使其合法化，再依法评估作价入股。此时需注意：

   • 补办手续的可行性：需咨询当地自然资源、农业农村等部门，确认是否允许补办；
     
   • 时间成本：补办手续可能涉及测绘、公示、审批等多个环节，需预留足够时间；
     
   • 成本承担：补办手续可能产生罚款、测绘费、评估费等费用，需提前明确由谁承担。

建议：若您计划以设施农用地上的厂房入股，建议先委托律师或专业机构对厂房的合法性进行尽职调查，确认无违法风险后再推进入股程序。如有具体问题，可直接向我咨询。