以农用地使用权入股，在符合相关法律法规的前提下是合法且可行的。不过，这一行为受到《中华人民共和国民法典》、《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例等多部法律的规范和约束，具体分析如下：
一、法律依据与基本规定
《中华人民共和国民法典》：
- 第三百五十三条明确规定，建设用地使用权人有权将建设用地使用权转让、互换、出资、赠与或者抵押。虽然该条款直接针对的是建设用地使用权，但为土地使用权入股提供了民事基本法的依据，农用地使用权在符合特定条件下（如转为建设用地）亦可参照此规定。
《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例：
- 第四条确立了土地用途管制制度，要求使用土地的单位和个人必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。这意味着，若要将农用地使用权入股，首先需确保该农用地符合土地利用总体规划的要求，或依法办理农用地转用审批手续。
- 新修订的《土地管理法》及其实施条例允许集体经营性建设用地在符合规划、依法登记，并经本集体经济组织三分之二以上成员或村民代表同意的情况下，通过出让、出租、入股等方式使用。这为集体农用地（在转为经营性建设用地后）使用权入股提供了法律支持。
二、具体操作与法律要求
- 土地用途变更：若农用地需转为建设用地以入股，应依法办理农用地转用审批手续，确保土地用途的合法性。
- 评估作价：土地使用权作为出资需经过评估作价，确保出资价值的真实性和合理性，避免高估或低估作价。
- 财产权转移：以土地使用权入股的股东应严格履行出资义务，按期足额缴纳出资额，并依法办理土地使用权的转移手续，确保公司能够实际获得相应的土地使用权。
- 集体决策程序：对于集体农用地使用权入股，还需遵循集体经济组织内部的决策程序，如经本集体经济组织三分之二以上成员或村民代表同意，确保入股行为的合法性和有效性。
三、法律风险与防范
- 合规性风险：若未依法办理农用地转用审批手续或未遵循集体经济组织内部的决策程序，可能导致入股行为无效，甚至面临法律责任。
- 价值评估风险：土地使用权作为非货币财产出资，其价值评估需遵循客观、公正的原则。若评估不实，可能影响公司的资本结构和运营安全。
- 权属纠纷风险：在土地使用权入股过程中，需确保土地权属清晰，避免因权属纠纷影响公司的正常运营。
四、综合分析与建议
综上所述，以农用地使用权入股是一种合法的出资方式，但具体操作中需严格遵守相关法律法规的规定，确保入股行为的合法合规性。建议在进行农用地使用权入股前，充分了解相关法律法规和政策要求，对入股方案进行全面的法律审查和风险评估。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为你提供专业的法律服务。