政府以土地作为出资入股公司是合法的，但必须严格遵循相关法律法规和程序要求。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与合法性前提
《公司法》的明确规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。这为政府以土地使用权出资入股提供了法律基础。
《土地管理法》及其实施条例的支持：
- 《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例规定了土地使用权的取得、转让和使用方式，明确国有土地有偿使用的方式包括国有土地使用权作价出资或入股。这进一步确认了政府以土地使用权出资入股的合法性。
特定法规的规范：
- 如《国有企业改革中划拨土地使用权管理暂行规定》等，对国有土地使用权作价出资、入股进行了具体规范，要求遵循法定程序并经相关部门批准。这些法规确保了政府以土地使用权出资入股的规范性和合法性。
二、出资条件与程序要求
土地性质与用途的合规性：
- 用于出资的土地必须来源合法，且土地性质需符合规定。例如，划拨土地需先转为出让土地，并补缴土地出让金后方可出资。同时，土地用途应与公司经营需求和规划相符，不得擅自改变用途。
评估作价与审批流程：
- 政府以土地使用权出资入股前，需由具备资质的专业评估机构对土地进行评估作价，确定其真实价值。评估结果将作为入股的依据。此外，还需经过有批准权的政府土地管理部门及其他相关部门的审批同意，确保土地使用权的处置符合土地利用总体规划、城市规划等要求。
产权变更登记与出资方式：
- 完成入股程序后，需依法办理土地使用权的产权变更登记手续，明确产权归属。政府以一定年期的国有土地使用权作价出资后，该土地使用权由新设企业或现有企业持有，并可依法进行转让、出租、抵押。同时，形成的国家股股权由有批准权的人民政府土地管理部门委托有资格的国有股权持股单位统一持有。
三、实务操作中的注意事项
严格遵守法律法规和政策规定：
- 政府以土地使用权出资入股必须严格遵守相关法律法规和政策规定，确保整个过程的合法性和合规性。任何违规操作都可能导致出资行为无效或面临行政处罚。
确保土地使用权的权属清晰无争议：
- 用于出资的土地使用权必须权属清晰无争议，并已办理土地登记。这是确保出资行为有效性的重要前提。
考虑税务处理和公司章程的约定：
- 土地使用权出资可能涉及多种税种，如契税、印花税等。因此，在实务操作中需咨询专业税务机构以确保合规处理。同时，公司章程中应对土地使用权出资的相关事项进行明确约定，以避免后续纠纷。
总结来看，政府以土地作为出资入股公司是合法的，但必须严格遵循相关法律法规和程序要求。在实际操作中，建议政府和企业寻求专业律师和顾问的帮助，以确保整个过程的合法性、合规性和有效性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。