您好，关于国有企业土地作价入股是否合法的问题，我可以给您一个详细且深入的解答。

结论前置：国有企业以土地作价入股是合法的出资方式，但这一过程必须严格遵守相关法律法规，确保每一步都合法合规。

一、土地使用权作为出资的合法性

根据《中华人民共和国公司法》第二十七条，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。这明确确认了土地使用权（包括国有土地使用权）作为股东出资方式的合法性。但前提是，该土地使用权必须合法有效，且可以依法转让，同时需符合土地利用总体规划、城乡规划等要求。

二、土地使用权入股的具体流程与规定

1. 履行内部决策程序：

   • 国有企业需经过股东（大）会、董事会的决议，并经过国有资产监督管理部门的审批。

2. 对土地进行评估作价：

   • 委托有资质的评估机构对土地使用权进行评估，确定其价值，作为出资额的依据。评估过程中必须遵循客观、公正的原则，不得高估或低估土地使用权的价值。

3. 签订出资协议：

   • 明确土地使用权价值和出资比例后，出资人与其他股东签订出资协议，明确各方权利和义务。

4. 办理土地使用权过户手续：

   • 签订土地使用权转让合同，并到土地管理部门办理变更登记，将土地使用权从股东名下转移至公司名下。

5. 验资（非强制但推荐）：

   • 若公司章程或特殊行业有要求，需由会计师事务所进行验资并出具验资报告，以确保出资的真实性和合法性。

6. 记载于股东名册和公司章程：

   • 将股东的姓名、出资方式、出资额和出资时间等记载于股东名册，并修改公司章程，以反映新的股权结构。

7. 变更登记：

   • 完成上述所有手续后，需到公司登记机关办理注册资本变更登记和股东名册变更登记，确保公司注册信息与实际情况一致。

三、特殊规定与适用场景

• 划拨土地使用权：若以划拨方式取得的土地使用权入股，需按照特定审批及补缴出让金等程序进行。
• 房地一体原则：以国有土地使用权入股时，如果涉及地上建筑物等房地产情况，需要遵循房地一体的原则，即土地使用权和地上建筑物所有权应一并转让。
• 适用场景：国有企业土地作价入股特别适用于国企改革、PPP项目、铁路行业以及地方创新中的土地综合开发等场景。

四、综合建议

由于国有企业土地作价入股涉及多个法律领域和复杂的法律手续，建议您在操作过程中寻求专业律师的法律咨询和指导，以确保每一步都合法合规，降低潜在的法律风险。同时，您也需要充分了解并遵守相关法律法规，确保出资的合法性、公正性和有效性。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。