政府入股合作社在符合法定条件和程序的前提下是合法的。以下从不同角度进行详细分析：

1. 法律依据角度
   根据《中华人民共和国农民专业合作社法》第五条，农民专业合作社对由成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产，享有占有、使用和处置的权利，并以上述财产对债务承担责任。法律并未禁止政府以合法方式（如财政资金入股）参与合作社，但需满足“不改变合作社性质”和“不损害成员利益”的核心原则。例如，政府可通过专项扶持资金转化为股金，但需明确退出机制，避免长期干预合作社自主经营。

2. 政策支持角度
   中央一号文件多次提出“支持政府投资基金投资合作社”，农业农村部《关于促进农民专业合作社规范发展的意见》明确鼓励“财政资金量化到户后以股份形式投入合作社”。此类政策旨在通过政府引导增强合作社资本实力，但要求资金使用需公开透明，且政府不得享有超出法律规定的表决权（如《合作社法》第二十二条限制单个成员表决权不超过20%）。

3. 实践操作角度
   合法入股需满足三要件：

   • 资金性质：须为财政专项扶持资金或社会捐赠资金，不得使用行政事业性收费或罚没收入；
     
   • 程序合规：需经合作社成员大会特别决议（需代表2/3以上表决权的成员通过），并报县级农业农村部门备案；
     
   • 权责明晰：政府作为特殊成员仅享有资产收益权，不参与日常经营管理（如《浙江省农民专业合作社条例》第二十四条明确禁止政府委派代表担任理事长）。

4. 风险防范角度
   需警惕两类违法情形：

   • 变相行政干预：若政府通过入股强制要求合作社采购指定物资或销售指定渠道，可能违反《反垄断法》第三十二条；
     
   • 利益输送：若政府工作人员利用职务便利通过合作社套取补贴，可能触犯《刑法》第三百八十五条受贿罪。合作社应建立独立财务制度，政府入股资金需专项审计。

建议操作步骤：

1. 核查地方政府是否出台合作社入股细则（如《山东省农民专业合作社政府投资入股管理办法》）；
   
2. 签订书面入股协议，明确政府股权比例（建议不超过10%）、分红上限（通常不超过同期银行贷款利率）及退出条件；
   
3. 在合作社章程中增设“政府股东特别条款”，规定其表决权限制和监督方式。
   

如需进一步分析具体入股方案合法性，可提供地方政府文件名称、入股资金来源等细节，我将结合《民法典》合同编和《预算法》进行合规性审查。