村集体资金入股本村合作社是合法的，但这一行为必须在遵循相关法律法规、履行必要程序，并确保资金来源合法、经营范围合规的前提下进行。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与资格确认
《中华人民共和国民法典》：该法明确规定农村集体经济组织依法取得法人资格，村委会作为其代表，具备从事民事活动的权利和能力，这自然包括入股合作社等民事行为。
《公司法》及相关规定：虽然《公司法》未直接提及村委会作为股东，但并未禁止其入股，且强调股东应遵守法律、行政法规和公司章程。此外，《公司登记管理若干问题的规定》也明确指出，村民委员会可以作为投资主体设立公司，成为有限责任公司的股东，这一原则同样适用于入股合作社。
《农村土地承包法》等相关法规：这些法规允许在保障村民权益和符合集体资产管理程序的前提下，对集体资产进行合理运营，入股合作社是其中一种方式。
二、决策程序与民主参与
村民会议或代表会议：在决定入股合作社前，必须召开村民会议或村民代表会议，讨论并表决入股事宜。这是确保村民知情权、参与权、决策权的重要环节，所作决定需经到会人员过半数通过。
民主决策程序：严格遵循民主决策程序，确保村民的上述权利不受侵害，这是入股行为合法性的重要保障。
三、资金来源与资产合法性
合法积累：入股资金必须是村集体通过合法途径积累的财产，如土地发包收入、村办企业利润等。这是确保入股行为合法性的基础。
资产评估与产权转移：如果入股涉及非货币资产，如土地、设备等，需进行资产评估，并办理相关产权转移手续，确保入股行为的规范性和合法性。
四、经营范围与目的审查
合规性：合作社所从事的经营活动应符合国家法律法规和政策导向，不得从事高风险、违法违规或损害集体利益的业务。
村集体利益：入股合作社的投资项目应有助于推动农村产业发展、增加农民收入、改善农村基础设施等，促进农村经济社会的可持续发展。
五、登记备案与后续管理
股权变更登记：完成入股后，需按照相关规定办理股权变更登记等手续，确保入股行为的法律效力。
内部管理制度：村委会应建立完善的内部管理制度和风险控制机制，防止村集体资产遭受损失。
持续监督与评估：定期对合作社进行监督和评估，确保其经营行为符合法律法规和村集体利益。
六、注意事项与风险提示
避免利益冲突：村委会在入股过程中应谨慎处理可能存在的利益冲突问题，确保职责和使命不受商业利益影响。
充分投资评估：入股前应进行全面的调查和评估，包括但不限于合作社的财务状况、市场前景、管理团队等，以降低投资风险。
综上所述，村集体资金入股本村合作社在遵循相关法律法规、履行必要程序，并确保资金来源合法、经营范围合规的前提下是合法的。这一行为有助于推动农村产业发展、增加农民收入、改善农村基础设施，促进农村经济社会的可持续发展。