合作入股农民自营在符合法律规定的情况下是合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律背景与依据
公司法相关规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。这意味着，如果农民自营的实体（如个体工商户、个人独资企业或有限责任公司等）符合公司法的规定，且入股方（即合作方）的出资方式符合法律要求，那么合作入股是合法的。
农业相关法律法规：
- 在农业领域，国家鼓励和支持农民以多种形式合作经营，提高农业生产效率和竞争力。因此，如果合作入股农民自营的实体涉及农业生产、加工、销售等环节，且符合农业相关法律法规的规定，那么这种合作方式也是合法的。
二、合法性的具体判断标准
主体资格：
- 农民自营的实体必须具备合法的经营资格，如个体工商户营业执照、个人独资企业营业执照或有限责任公司营业执照等。
- 入股方（合作方）也必须具备合法的主体资格，如自然人、法人或其他组织等。
出资方式与比例：
- 出资方式必须符合公司法的规定，如货币、实物、知识产权、土地使用权等。
- 出资比例应根据公司章程或合作协议的约定来确定，且不得违反法律法规的强制性规定。
合作协议或公司章程：
- 合作双方应签订详细的合作协议或制定公司章程，明确双方的权利义务、出资方式、出资比例、利润分配、亏损承担等事项。
- 合作协议或公司章程的内容应合法合规，不得违反法律法规的强制性规定。
三、可能存在的法律风险与防范
法律风险：
- 如果农民自营的实体不具备合法的经营资格，或者入股方的出资方式不符合法律要求，那么合作入股可能面临法律风险。
- 如果合作协议或公司章程的内容存在违法违规之处，也可能导致合作入股的合法性受到质疑。
风险防范：
- 在合作入股前，应对农民自营的实体的经营资格和入股方的出资方式进行严格审查。
- 制定合法合规的合作协议或公司章程，并明确双方的权利义务和责任承担。
- 在合作过程中，应遵守法律法规的规定，及时履行相关手续和义务。
四、实际操作建议
咨询专业律师：
- 在合作入股前，建议咨询专业律师，对农民自营的实体的经营资格、入股方的出资方式以及合作协议或公司章程的内容进行法律审查。
- 律师可以提供专业的法律意见和建议，帮助双方规避法律风险。
完善合作协议或公司章程：
- 根据律师的意见和建议，完善合作协议或公司章程的内容，确保其合法合规。
- 明确双方的权利义务和责任承担，为合作入股的顺利进行提供法律保障。
及时履行相关手续和义务：
- 在合作入股过程中，应及时履行相关手续和义务，如办理工商变更登记、缴纳税费等。
- 遵守法律法规的规定，确保合作入股的合法性和有效性。
如果您在合作入股农民自营方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。