在您已经取得农转用手续后，若想要在农用地上合法建设厂房，还需要完成以下几个关键步骤和手续：

一、确保符合规划和计划

首先，您需要确认您的建设项目是否符合当地的土地利用总体规划和土地利用年度计划，特别是要确认农用地转用指标是否已经得到批准。同时，如果建设项目位于城市或村庄、集镇规划范围内，还需确保项目符合相应的城市规划或村庄、集镇规划。

二、办理土地使用权出让手续

农用地转为建设用地并经批准后，您需要与土地管理部门办理土地使用权出让手续。这一步骤是确保您合法获得土地使用权的关键，也是后续建设厂房的基础。

三、获取建设规划许可

在获得土地使用权后，您需要向当地的城乡规划部门申请《乡村建设规划许可证》（或相应的城市规划许可，具体取决于项目所在地）。这一许可证明了您的建设项目符合当地的规划要求，是合法建设的重要依据。

四、办理施工许可

在取得建设规划许可后，您还需要向当地的住房和城乡建设部门申请施工许可。施工许可是确保您的建设项目符合建筑安全、环保等标准，并允许您开始施工的正式文件。

五、遵守其他相关法规和政策

在建设过程中，您还需要严格遵守其他相关的法律法规和政策，如环境保护、安全生产等方面的规定。确保您的建设项目不仅合法，而且安全、环保，符合社会的整体利益。

六、注意事项

• 避免占用永久基本农田：即使您已经取得了农转用手续，也需特别注意避免占用永久基本农田，因为这类土地受到严格的保护。
• 了解土地规划和地类情况：在项目选址和建设前，务必了解清楚需要占用的土地规划和地类情况，确保项目符合规划要求。
• 合法流转土地：如果土地是通过流转获得的，需确保流转过程合法合规，且不得改变土地的农业用途。

概括起来，取得农转用手续只是建设厂房的第一步，您还需要完成土地使用权出让、获取建设规划许可、办理施工许可等一系列手续，并严格遵守相关法律法规和政策，才能确保您的建设项目合法、安全、环保。