针对您提出的“农用地盖房有土地证但没有审批手续是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
一、核心结论
在农用地（特别是耕地）上盖房，即使拥有土地证，若未办理农用地转用审批手续或不符合土地利用总体规划，该建房行为仍属于不合法。土地证仅证明土地的使用权归属，但农用地转为建设用地需额外履行法定审批程序。
二、合法性分析
审批手续的必要性
根据《中华人民共和国土地管理法》第四十四条，建设占用土地涉及农用地转为建设用地的，必须办理农用地转用审批手续。这意味着，在农用地上建房前，需向相关部门申请并获得批准，否则即使持有土地证，建房行为也缺乏合法依据。
土地利用总体规划的约束
建房行为需严格遵守土地利用总体规划。若项目不符合规划要求（如占用生态保护红线、基本农田等），即使已办理审批手续，也可能被认定为非法占用土地，面临拆除、罚款等法律责任。
基本农田的特殊保护
根据《基本农田保护条例》第十七条，禁止在基本农田保护区内建房、建窑等破坏活动。若农用地属于基本农田范畴，无论是否办理审批手续，建房行为均属违法，且可能面临更严厉的处罚。
三、不合法风险的具体表现
未完成审批流程
仅持有土地证但未办理农用地转用审批、规划许可等手续，房屋可能因“程序违法”被认定为违规建筑，面临限期拆除、恢复土地原状等后果。
违规占地建房
若房屋实际建设超出土地证范围，或在禁止建设的区域（如农用地、生态保护区）建房，即使持有土地证，房屋仍属违法建筑，不受法律保护。
四、建议与行动指南
立即停止建设行为
若房屋尚未建成或正在建设，建议暂停施工，避免因继续建设扩大损失。
咨询当地土地管理部门
联系当地自然资源局、农业农村局或乡镇政府，确认土地性质（是否为基本农田）、规划用途及补办审批手续的可行性。
补办审批手续（如可能）
若土地符合转用条件且符合规划，可申请补办农用地转用审批、规划许可等手续，使房屋合法化。但需注意，基本农田转用需国务院批准，程序极为严格。
考虑拆除或调整用途
若土地性质为基本农田或无法补办手续，建议自行拆除房屋并恢复土地原状，或与政府部门协商调整土地用途（如复垦为耕地）。
五、长期趋势与政策背景
随着不动产统一登记制度的推进，农村房屋合法性认定将更严格依赖“土地使用证+规划许可”等综合手续。未来，农用地建房的监管将更加规范化，建议村民在建房前充分了解政策，避免因信息缺失导致违法风险。
总结：农用地盖房需同时满足“持有土地证+完成审批手续+符合规划”三个条件才合法。若仅持有土地证但未办理审批，或土地为基本农田，建房行为均属违法。建议立即咨询当地部门，根据土地性质和政策要求采取补救措施。