结论前置：农村房屋仅有房产证而无土地证，其合法性不能一概而论，需根据具体情况进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情形
历史遗留问题：
- 在农村地区，由于早期土地管理和房屋登记制度的不完善，部分房屋可能仅办理了房产证而未进行土地登记。若这些房屋的建设经过了合法审批，且符合当时的规划、建设要求，那么它们整体上仍属于合法建筑。这种情况下，尽管缺少土地证，但房屋的合法性并不受影响。
房产证与土地证合一（不动产权证书）：
- 随着不动产登记制度的推进，许多地方已实行房产证和土地证“两证合一”，统一颁发不动产权证书。若您的房子已取得了不动产权证书，那么即使从形式上看没有单独的土地证，实际上土地和房屋的权益已在不动产权证书中得到体现，因此该房屋是合法的。
符合当地政策规定的集体土地建设：
- 在集体土地上建设的房屋，如村里的宅基地房，虽然一般没有单独的土地使用证，但只要建设符合相关规定且经过合法审批，房子本身也是合法的。这种情况下，房产证是确认房屋所有权的重要依据，而土地使用权则通过宅基地审批手续来确认。
二、存在不合法风险或权益受限的情形
违规占地建设：
- 若房屋建设未取得合法的土地使用权，如在集体土地上违规进行非农业建设或未经批准占用国有土地建设房屋，那么这类房子可能不合法。例如，农村集体土地上私自建设的“小产权房”，因未经过国家征收和出让等合法程序，没有取得国有土地使用证，故存在被认定为违法建筑并拆除的风险。
交易和权益保障受限：
- 缺少土地证可能对房屋的交易和权益保障产生不利影响。在进行房屋买卖、赠与等交易时，买家通常会要求查看双证（房产证和土地证），以确保交易的合法性和安全性。缺少土地证将大大降低房屋的市场流通性。此外，在拆迁时，虽然房产证是确定房屋所有权的重要依据，但土地证同样关键，用于确定土地使用权的归属。无土地证可能导致土地部分的补偿无法顺利获取，或补偿标准降低。
三、建议与措施
补办土地证：
- 若您的房屋缺少土地证，且符合补办条件，建议尽快向当地国土资源管理部门咨询并申请补办。补办土地证需要准备相关材料，如身份证、户口本、房产证、土地来源证明等，并按照部门要求填写申请表格。审核通过后，您将领取到土地证，从而完善房屋的权属证明。
沟通协商与寻求法律帮助：
- 若因历史遗留问题或政策原因导致无法补办土地证，建议您与村委会、国土资源管理部门等沟通协商，了解具体情况并寻求解决方案。部分地区可能针对此类问题有专门的处理政策。若自行解决困难重重，您可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
总结：农村房屋仅有房产证而无土地证，其合法性需根据具体情况判断。为确保房屋的完整权益和合法性，建议您尽快采取行动补办土地证或寻求专业法律帮助解决相关问题。同时，也建议您关注当地政策动态和不动产登记制度的变化，以便及时了解并维护自己的合法权益。