结论：农村房屋只有房产证没有土地使用证的情况，其合法性不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法情况分析
历史遗留问题：
- 过去农村建房管理相对宽松，审批流程不如现在规范，导致许多农民在建房时仅办理了房产证（或相关建房许可），而未及时办理土地使用证。若房屋建造符合当时的政策规定，且土地来源合法（如通过合法审批获得的宅基地），则即使没有土地使用证，房屋仍可能被视为合法存在。但这种情况存在法律风险，建议尽快补办土地使用证。
政策衔接问题：
- 在农村不动产登记工作推进过程中，部分地区可能存在信息更新和手续办理不顺畅的问题，导致房屋未能及时取得土地使用证。若房屋建造符合当地规划要求，且土地来源合法，则可通过补办手续来完善权属证明。
特定政策下的合法性：
- 在某些地区，农村房屋可能因特定政策（如拆迁安置、扶贫搬迁等）而建造，这些房屋在建造时可能已获得相关部门的批准，但土地使用证的办理可能滞后或存在特殊规定。在这种情况下，房屋的合法性应依据具体政策来判断。
二、不合法情况分析
违规占地建房：
- 若房屋建造在未经批准的土地上，或超出了土地使用证（如有）所确定的用地范围，则属于违规占地建房。这种情况下，即使拥有房产证，房屋也可能被认定为不合法，并面临整改或拆除等处理。
未完成全部审批流程：
- 房屋建造需经过多个审批环节，包括土地审批、规划审批等。若未完成全部审批流程，即使拥有房产证，房屋也可能存在合法性瑕疵。例如，未获得规划许可而擅自建造的房屋，可能被视为违规建筑。
三、权益影响与建议
权益影响：
- 没有土地使用证的房屋在交易、抵押贷款及拆迁补偿等方面可能受到限制。购买方可能因无法获得完整的产权保障而担忧后续权益问题；银行在审批抵押贷款时，通常要求提供土地使用证作为抵押物的权属证明；遇到拆迁等情况时，没有土地使用证的房屋在补偿方面可能面临争议。
建议：
- 补办手续：若房屋建造合法且土地来源合法，建议尽快向当地的不动产登记机构申请补办土地使用证，以完善权属证明。
- 咨询相关部门：在补办手续前，可咨询当地的乡镇政府、自然资源部门或不动产登记中心等相关部门，了解具体政策和办理流程。
- 保留证据：在补办手续过程中，应保留好相关证据（如建房审批文件、土地来源证明等），以备不时之需。
四、法律依据
- 《中华人民共和国土地管理法》：该法规定了土地登记发证制度，土地使用证是确认土地使用权的法律凭证。在农村地区，土地使用证是确认房屋合法性的重要依据之一。
- 《中华人民共和国民法典》：该法第三百六十二条规定，宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。这为农村房屋的合法性提供了法律基础。
总结：农村房屋只有房产证没有土地使用证的情况，其合法性需根据具体情况判断。若房屋建造合法且土地来源合法，建议尽快补办土地使用证以完善权属证明；若存在违规占地建房或未完成全部审批流程等情况，则房屋可能存在不合法风险。在处理此类问题时，应咨询相关部门并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。