农村房屋只有房产证没有建房证，其合法性不能一概而论，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法的情况分析
历史遗留问题：
- 在过去农村建房管理相对宽松的时期，部分地区对建房审批流程的管理不够规范，导致许多农民在建房时可能仅办理了房产证（或相关土地权属证明），而未单独办理建房证。若房屋是按照当时的规定和习惯建造，且土地权属清晰，即使没有建房证，房屋仍可能被视为合法存在。
符合当地政策规定：
- 农村地区存在特定的宅基地管理和房屋建设政策，如“一户一宅”原则。在符合此类政策条件下，经合法程序取得土地使用证（或相关土地权属证明）后建造的房屋，即便未单独办理建房证，也可能被认可为合法建筑。此外，这些地区可能后续会组织开展建房证的统一办理工作。
建房证与房产证的关系：
- 建房证通常指的是乡村建设规划许可证或建设工程规划许可证，是建房前需取得的规划审批手续。而房产证是房屋所有权的法定证明。在部分地区，建房证可能并非独立存在，而是与房产证或土地使用证等合并办理。因此，若已取得房产证且土地权属清晰，可能已隐含了建房的合法性。
二、存在不合法风险的情况分析
未完成全部审批流程：
- 即使拥有房产证，但若在建房过程中未按照规定完成全部的建房审批流程，如未获得乡村建设规划许可证或建设工程规划许可证等相关手续，房屋可能存在合法性瑕疵。这种情况下，尽管有房产证明土地权属，但房屋建设不符合规划要求，严格意义上属于违规建筑。
违规占地建房：
- 若房屋实际建设超出了土地证或相关土地权属证明所确定的用地范围，或在不允许建房的土地上（如农用地等禁止建设区域）建房，即使拥有房产证，房屋也属于违法建筑，不受法律保护。
三、建议与行动
核实建房审批手续：
- 建议向当地的自然资源部门、农业农村部门或乡镇政府咨询，了解房屋是否已取得完整的建房审批手续，包括乡村建设规划许可证或建设工程规划许可证等。
补办相关手续：
- 若发现建房审批手续不齐全，建议尽快补办相关手续，以确保房屋的合法性。补办流程可能包括提交申请、提供相关材料、接受实地调查和审核等步骤。
了解当地政策：
- 不同地区的农村房屋政策可能存在差异。因此，在判断房屋合法性时，需要了解当地的政策和规定，以便更准确地评估房屋的法律状态。
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综上所述，农村房屋只有房产证没有建房证的合法性需综合考虑历史遗留问题、当地政策规定以及是否完成全部审批流程和是否存在违规占地建房等因素。在确保土地权属清晰且符合当地政策规定的前提下，房屋可被视为合法存在。但为确保权益得到充分保障，建议尽快核实并补办相关建房审批手续。