结论：有建房许可证但没有土地证，房屋的合法性不能一概而论，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
历史遗留问题：
- 在我国房地产管理的发展历程中，早期存在先建设房屋后完善登记制度的情况。一些老旧房屋，虽然因当时管理不规范等原因未及时办理土地证，但若房屋建设经过了合法审批（如取得了建房许可证）且符合当时的规划、建设要求，则整体上属于合法建筑。
集体土地上的合法建设：
- 在集体土地上建设的房屋，如村里的宅基地房，虽然一般没有单独的土地使用证（或土地证形式与国有土地不同），但只要建设符合相关规定（如“一户一宅”原则）且经过合法审批（如取得了建房许可证），房子本身也是合法的。这种情况下，建房许可证是证明房屋建设合法性的重要依据。
房产证与土地证合一（不动产权证书）前的过渡情况：
- 随着不动产登记制度的实施，许多地方已实行房产证和土地证“两证合一”，统一颁发不动产权证书。在“两证合一”之前，若房屋已取得了建房许可证，且符合当时的规定，即使未办理土地证，也不影响房屋的合法性。后续可按照当地政策补办相关手续。
不合法情形
违规占地建设：
- 若房屋建设未取得合法的土地使用权，如在集体土地上违规进行非农业建设或未经批准占用国有土地建设房屋，即使取得了建房许可证，也可能因土地使用不合法而导致房屋不合法。这类房子，如农村集体土地上私自建设的“小产权房”，存在被认定为违法建筑并拆除的风险。
建房许可证与土地使用不符：
- 若建房许可证上的建设地点、面积、用途等与实际土地使用情况不符，或建房过程中超出了建房许可证的批准范围，则房屋可能存在合法性瑕疵。这种情况下，即使取得了建房许可证，房屋也可能因违规建设而不合法。
建议与行动
核实土地使用情况：
- 首先，应核实房屋所占土地的使用性质、来源及是否取得合法土地使用权。这可以通过查询土地登记档案、咨询当地自然资源部门或乡镇政府等方式进行。
补办相关手续：
- 若房屋因历史遗留问题或政策原因未办理土地证，但符合当地政策规定且建房审批手续齐全，可咨询当地相关部门了解补办土地证或不动产权证书的具体流程和要求，并尽快补办相关手续。
咨询专业意见：
- 若对房屋的合法性存在疑问或遇到复杂的法律问题，建议直接向我咨询。我可以根据具体情况提供详细的法律分析和建议，帮助您维护自己的合法权益。
总之，有建房许可证但没有土地证，房屋的合法性需根据具体情况判断。在处理此类问题时，应综合考虑历史遗留情况、当地政策规定以及建房审批手续的完整性等因素。如有需要，请随时向我咨询以获取更专业的法律帮助。