结论前置：耕地建房是否合法，关键在于是否办理了农用地转用审批手续、是否符合土地利用总体规划以及是否遵守了基本农田的特殊保护规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、审批手续与合法性

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律规定，建设占用土地，特别是涉及农用地转为建设用地的，必须办理农用地转用审批手续。这意味着，在耕地上建房前，必须获得相关政府部门的批准。如果建房项目符合土地利用总体规划，并且已经依法办理了农用地转用审批手续，那么该建房行为是合法的。

举例说明：假设某村民计划在自家的耕地上建房，他首先需要向当地自然资源主管部门提出农用地转用申请，并提交详细的用地申请书、项目可行性研究报告、土地利用方案等材料。如果申请获得批准，他还需要按照当地规定办理建设项目审批手续，如取得乡村建设规划许可证等，之后才能开始建房。

二、土地利用总体规划的遵循

除了办理审批手续外，建房行为还必须严格遵守土地利用总体规划。这是确保土地资源合理利用和保护的重要一环。如果建房项目不符合土地利用总体规划，即使已经办理了审批手续，也可能被视为非法占用土地，并面临相应的法律责任。

法律后果：如果未办理相关审批手续，或者建房项目不符合土地利用总体规划，县级以上人民政府自然资源主管部门会责令退还非法占用的土地，并可能限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。此外，还可能面临罚款的处罚。

三、基本农田的特殊保护

特别需要注意的是，《基本农田保护条例》对基本农田有着严格的保护规定。根据该条例，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行建窑、建房、建坟等破坏基本农田的活动。因此，在基本农田保护区内建房是严格禁止的，无论是否已经办理了审批手续。

特殊情况处理：如果建设的房屋为农业生产配套设施，如养殖舍等，且符合设施农业用地规定，则应拟定设施建设方案，与农村集体经济组织签订用地协议，并报乡镇政府备案。但这种情况并不适用于普通的住宅建房。

四、合法建房的建议流程

1. 了解相关法律法规：在着手任何建设活动之前，务必深入了解《土地管理法》、《城乡规划法》以及地方性法规或政策。
2. 核实土地性质与用途：确认耕地是否允许进行建设，通常耕地属于农用地，主要用于农业生产。
3. 申请土地使用权变更（农用地转用审批）：向当地自然资源主管部门提出农用地转用申请，并提交相关材料。
4. 办理建设审批手续：获得土地使用权变更批准后，按照当地规定办理建设项目审批手续。
5. 遵守建筑规范和安全标准：建设过程中，应严格遵守建筑规范和安全标准。

五、总结与建议

在建房前，务必咨询当地土地管理部门，了解具体的政策要求和操作流程。确保所建房屋符合土地利用总体规划，并依法办理所有必要的审批手续。同时，要特别注意基本农田的保护规定，避免在基本农田保护区内进行任何形式的建设活动。只有遵守了相关法律法规和规定，才能确保建房行为的合法性和安全性。

如果你在耕地建房方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。