结论：建房手续合法并不意味着在农耕地上建房就一定合法，这主要取决于是否办理了农用地转用审批手续、是否符合土地利用总体规划以及是否遵守了相关法律法规的特殊规定，特别是关于基本农田的保护规定。

分析：

1. 农用地转用审批手续：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律规定，建设占用土地，特别是涉及农用地转为建设用地的，必须办理农用地转用审批手续。这意味着，在农耕地上建房前，必须获得相关政府部门的批准。如果建房项目符合土地利用总体规划，并且已经依法办理了农用地转用审批手续，那么该建房行为是合法的。

2. 土地利用总体规划的遵循：

   • 除了办理审批手续外，建房行为还必须严格遵守土地利用总体规划。这是确保土地资源合理利用和保护的重要一环。如果建房项目不符合土地利用总体规划，即使已经办理了审批手续，也可能被视为非法占用土地，并面临相应的法律责任。例如，若某地区规划为农业保护区，禁止转为建设用地，那么在此区域建房就是违法的。

3. 基本农田的特殊保护：

   • 特别需要注意的是，《基本农田保护条例》对基本农田有着严格的保护规定。根据该条例，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行建窑、建房、建坟等破坏基本农田的活动。因此，在基本农田保护区内建房是严格禁止的，无论是否已经办理了审批手续。例如，若某块农田被划定为基本农田，那么在此农田上建房就是违法的，即使获得了其他相关部门的批准。

4. 不合法的后果与法律责任：

   • 如果未办理相关审批手续，或者建房项目不符合土地利用总体规划，建房行为将被视为非法占用土地。县级以上人民政府自然资源主管部门会责令退还非法占用的土地，并可能限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。此外，还可能面临罚款的处罚，甚至可能被追究刑事责任。

建议：

• 在计划建房前，务必咨询当地土地管理部门，了解具体的政策要求和操作流程，确保所建房屋符合土地利用总体规划，并依法办理所有必要的审批手续。
• 要特别注意基本农田的保护规定，避免在基本农田保护区内进行任何形式的建设活动。
• 如果对相关法律法规和政策规定不熟悉，建议寻求专业法律人士的帮助，以确保建房行为的合法性和安全性。

如有任何关于土地或房产方面的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见。